Kết luận thanh tra số 38 năm 2017 của Thanh tra TP chỉ ra nhiều sai phạm về tài chính, quản lý sử dụng vốn, tài sản… của Sagri. Trong đó, đáng chú ý là ông Lê Tấn Hùng – Tổng Giám đốc và bà Nguyễn Thị Thúy - Kế toán trưởng - có liên quan trực tiếp đến việc ký khống, chi khống hơn 13 tỉ đồng cho hàng chục cán bộ, người lao động học tập nước ngoài. UBND TP đã kỷ luật cảnh cáo với hai trường hợp này.
Trong năm 2018, Kiểm toán Nhà nước tiếp tục chỉ ra các vấn đề thiếu sót của Sagri trong việc cho thuê đất, hợp tác đầu tư chưa có ý kiến của cơ quan thẩm quyền, đầu tư kinh doanh trên đất ngoài ngành..., đề nghị Chủ tịch UBND TPHCM xử lý.
Từ đó, UBND TP chỉ đạo Thanh tra TP tiếp tục tiến hành thanh tra, rà soát các sai phạm tại Sagri. Ngày 21-2-2019, Thanh tra TP ban hành kết luận thanh tra số 05, chỉ ra nhiều thiếu sót, sai phạm trong việc chấp hành các quy định pháp luật trong công tác quản lý, sử dụng đất đai; quản lý, sử dụng tài chính; thực hiện dự án và chuyển nhượng dự án tại Sagri.
Các thiếu sót, vi phạm nêu trên thuộc trách nhiệm của Hội đồng thành viên, chủ tịch Hội đồng thành viên, tổng giám đốc, các phó tổng giám đốc, kiểm soát viên, kế toán trưởng... của Sagri từng thời kỳ có liên quan đến vụ việc. Trong đó, sai phạm về quản lý đất đai xảy ra từ các nhiệm kỳ trước, còn sai phạm quản lý điều hành thuộc về ông Lê Tấn Hùng.
Mới đây, ông Lê Tấn Hùng đã bị đình chỉ công tác. Quyết định đình chỉ công tác nêu rõ ông Hùng đã có các sai phạm được Thanh tra TP, Kiểm toán Nhà nước và Chủ tịch UBND TP kết luận đã thể hiện vi phạm pháp luật kéo dài, thiếu trách nhiệm khắc phục hậu quả, không đủ phẩm chất để tiếp tục lãnh đạo, điều hành Tổng công ty.
