Tính riêng năm 2016, số thu từ các sắc thuế nội địa (không kể dầu thô) của khu vực doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài là 161.608 tỷ đồng, tăng 15% so với năm 2015.
Tuy nhiên, tình trạng doanh nghiệp FDI báo cáo thua lỗ vẫn chiếm tỷ trọng lớn. Cụ thể, tỷ lệ doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài báo lỗ và lỗ mất vốn năm 2016 giảm so với năm 2015 tuy nhiên vẫn cao hơn các năm 2012, 2013 và 2014. Tỷ lệ doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài lỗ lũy kế đến hết năm 2016 là 61% (cao hơn các năm từ 2012-2015).
Số liệu phân tích báo cáo tài chính doanh nghiệp đầu tư trực tiếp nước ngoài từ năm 2012 đến năm 2016 cho thấy, số lượng doanh nghiệp có vốn FDI báo lỗ hàng năm từ 44% đến 51%. Đặc biệt, năm 2015 là 51% và năm 2016 là 50% trên số lượng doanh nghiệp báo cáo.
Đáng lưu ý là tốc độ tăng của quy mô đầu tư và hoạt động của các doanh nghiệp báo lỗ và doanh nghiệp lỗ lũy kế cao hơn tốc độ tăng về số lượng.
Theo các chuyên gia tài chính, đây chính là những dấu hiệu về tình trạng “chuyển giá” từ Việt Nam ra nước ngoài của nhóm doanh nghiệp FDI. Ngược lại, cũng đã xuất hiện hiện tượng chuyển giá, chuyển lợi nhuận ngược từ nước ngoài vào Việt Nam của một bộ phận doanh nghiệp FDI đang hoạt động trong nước để được hưởng ưu đãi lớn về thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp và thời gian miễn, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp.
Hiện nay một số dự án FDI quy mô lớn được hưởng ưu đãi rất lớn về thuế thu nhập doanh nghiệp chẳng hạn như Dự án Công ty TNHH Samsung Electronics Việt Nam tại Bắc Ninh và Thái Nguyên có hiệu quả hoạt động rất cao, tỷ suất lợi nhuận trước thuế trên vốn chủ sở hữu năm 2015 lần lượt là 30,1% và 61,4%; năm 2016 là 26% và 49%. Trong khi đó, các dự án sản xuất phụ trợ đi cùng có hiệu quả kinh tế thấp.
Các ý kiến tại hội thảo đề nghị Bộ Kế hoạch và Đầu tư nghiên cứu và báo cáo Thủ tướng Chính phủ cơ chế kiểm soát để hạn chế các doanh nghiệp có dòng vốn FDI lỗ lũy kế, lỗ mất vốn nhưng vẫn tiếp tục đầu tư mở rộng để được hưởng ưu đãi thuế.
