Theo nhận định của đại diện VKS, trong quá trình tố tụng các bị cáo cơ bản khai nhận, ăn năn hối cải, có nhân thân tốt, lần đầu phạm tội, không có tư lợi cá nhân. Tuy nhiên hành vi của các bị cáo không tuân thủ quy trình, tiêu chuẩn chất lượng đã dẫn đến hậu quả của vụ án.
VKS cho rằng, các bị cáo là người làm công ăn lương, có kiến thức, đã nhận ra sai phạm; trong thực hiện nhiệm vụ, có trách nhiệm phối hợp nhà thầu thi công, mặc dù có sai phạm nhưng công trình đã được đưa vào sử dụng.
Đối với nhóm các bị cáo là quản lý dự án, VKS cho rằng, các bị cáo Hoàng Việt Hưng (cựu Giám đốc Ban Quản lý dự án đường cao tốc Đà Nẵng - Quảng Ngãi), Lê Nhiều (cựu Phó Giám đốc Ban Quản lý dự án đường cao tốc Đà Nẵng - Quảng Ngãi) tích cực hợp tác với cơ quan điều tra trong quá trình tố tụng, có nộp bồi thường thiệt hại, có văn bản xin giảm hình phạt, có cung cấp tài liệu gia đình có công cách mạng... hưng với vai trò quản lý dự án, hành vi của các bị cáo có tính nguy hiểm nên hình phạt tòa sơ thẩm tuyên là phù hợp, không có căn cứ để giảm.
Đối với các bị cáo thuộc nhóm nhà thầu thi công, VKS nhận định các bị cáo này có những sai phạm trong quá trình thi công, không đảm bảo quy trình tiêu chuẩn, vật liệu, giám định chất lượng... Trong quá trình tố tụng, các bị cáo đã có bồi thường nhưng không đáng kể so với thiệt hại gây ra; hình phạt sơ thẩm đã tương xứng với hành vi, nên không có căn cứ chấp nhận kháng cáo xin giảm nhẹ hình phạt hoặc cho hưởng án treo
Đối với các bị cáo thuộc các nhà thầu tư vấn giám sát, VKS cho rằng, các bị cáo là những giám sát viên vật liệu, phòng thí nghiệm, hiện trường... nhưng không đảm bảo quy trình, yêu cầu kỹ thuật, chất lượng, mặc dù bồi thường nhưng không đáng kể so với thiệt hại gây ra.
Các bị đơn trong vụ án là các công ty, nhà thầu cũng chưa nộp thêm khoản tiền nào để liên đới bồi thường thiệt hại cùng các bị cáo. Do đó, VKS cho rằng không có căn cứ chấp nhận kháng cáo xin giảm nhẹ hình phạt.
Trong phiên tòa phúc thẩm, VKS cũng đề nghị không chấp nhận kháng cáo của các bị đơn dân sự trong vụ án là các tổng công ty, nhà thầu xây dựng.
Trong vụ án này, có 19 bị cáo có đơn kháng cáo xin giảm nhẹ hình phạt hoặc xin hưởng án treo và kháng cáo đề nghị hủy bỏ lệnh kê biên tài sản. Các bị cáo mong cấp phúc thẩm xem xét, đánh giá những tình tiết liên quan đến hoàn cảnh gia đình, tự nguyện nộp tiền khắc phục hậu quả...
Bản án sơ thẩm tuyên ngày 6-12-2021 kết luận dự án cao tốc Đà Nẵng - Quảng Ngãi là công trình trọng điểm quốc gia, có vốn đầu tư rất lớn. Các bị cáo là những người có chức vụ, quyền hạn nhưng không tuân thủ các quy định về đầu tư, xây dựng công trình và các quy định pháp luật khác khiến cao tốc hư hỏng, ảnh hưởng xấu đến an toàn giao thông, làm giảm tuổi thọ công trình và gây bức xúc trong xã hội.
Các bị cáo Nguyễn Mạnh Hùng và Lê Quang Hào (2 cựu Phó Tổng Giám đốc Tổng công ty Đầu tư Phát triển đường cao tốc Việt Nam) được phân công phụ trách dự án nhưng không thực hiện nhiệm vụ được giao. Hai bị cáo để xảy ra nhiều sai phạm trong quá trình nghiệm thu cơ sở, gây thiệt hại số tiền lớn.
Còn nhóm bị cáo còn lại thuộc nhà thầu và đơn vị tư vấn giám sát đã thực hiện không đảm bảo đúng yêu cầu kỹ thuật của dự án, chịu trách nhiệm liên đới.
Căn cứ kết quả giám định và các tài liệu khác, cơ quan chức năng xác định tất cả 7 gói thầu không đảm bảo chất lượng so với tiêu chuẩn kỹ thuật, yêu cầu thiết kế dự án. Các hạng mục công trình không đảm bảo chất lượng nhưng chủ đầu tư và đơn vị liên quan vẫn nghiệm thu, thanh toán hơn 811 tỷ đồng cho các đơn vị thi công dự án.