Khi xử lý kỷ luật lao động, có các nguyên tắc được quy định tại Điều 123 Bộ luật Lao động 2012 mà NSDLĐ cần tuân thủ: NSDLĐ có nghĩa vụ chứng minh lỗi của NLĐ, đồng thời phải để cho NLĐ được quyền tự bào chữa hoặc nhờ luật sư hay người khác bào chữa. NSDLĐ không được áp dụng nhiều hình thức xử lý kỷ luật lao động đối với một hành vi vi phạm kỷ luật lao động. NSDLĐ chỉ được áp dụng hình thức kỷ luật cao nhất tương ứng với hành vi vi phạm nặng nhất đối với một NLĐ mà có đồng thời nhiều hành vi vi phạm kỷ luật lao động.
NSDLĐ không được xử lý kỷ luật lao động trong một số trường hợp đặc biệt như: trong thời gian NLĐ nghỉ ốm đau, điều dưỡng, nghỉ việc được sự đồng ý của NSDLĐ; trong thời gian NLĐ đang bị tạm giữ, tạm giam; trong thời gian lao động nữ có thai, nghỉ thai sản; NLĐ nuôi con nhỏ dưới 12 tháng tuổi; trong khi NLĐ mắc bệnh tâm thần hoặc một bệnh khác làm mất khả năng nhận thức hoặc khả năng điều khiển hành vi của mình. NSDLĐ cần quan tâm đến vấn đề thời hiệu xử lý kỷ luật lao động.
Điều 124 Bộ luật Lao động 2012 quy định thời hiệu xử lý kỷ luật là 12 tháng đối với trường hợp hành vi vi phạm liên quan trực tiếp đến tài chính, tài sản, tiết lộ bí mật công nghệ, bí mật kinh doanh của NSDLĐ; và 6 tháng đối với các hành vi khác. Riêng với nguyên tắc về việc NSDLĐ không được xử lý kỷ luật lao động trong một số trường hợp đặc biệt nêu trên, khi hết khoảng thời gian xảy ra sự việc đó, mà thời hiệu xử lý kỷ luật lao động đã hết, thì được kéo dài thời hiệu, nhưng tối đa không quá 60 ngày.
Căn cứ quan trọng để xử lý kỷ luật lao động là hành vi vi phạm của NLĐ phải được quy định trong nội quy lao động. Nếu không được quy định, NSDLĐ không được phép xử lý kỷ luật đối với NLĐ. Vì vậy, nội quy lao động đóng vai trò vô cùng quan trọng, cần được NSDLĐ quan tâm và xây dựng một cách hiệu quả, trong đó quy định rõ các hành vi vi phạm kỷ luật lao động của NLĐ và các hình thức xử lý kỷ luật lao động, trách nhiệm vật chất. Các quy định tại Điều 119, 120 Bộ luật Lao động 2012 đặt ra yêu cầu bắt buộc NSDLĐ sử dụng từ 10 NLĐ trở lên thì phải có nội quy lao động bằng văn bản và phải thực hiện thủ tục đăng ký nội quy lao động.
NSDLĐ gửi thông báo bằng văn bản về việc mời tham dự cuộc họp xử lý kỷ luật lao động cho ban chấp hành công đoàn cơ sở hoặc ban chấp hành công đoàn cấp trên cơ sở (đối với nơi chưa thành lập công đoàn cơ sở). Đồng thời gửi văn bản mời NLĐ, cha mẹ hoặc người đại diện theo pháp luật của NLĐ dưới 18 tuổi ít nhất 5 ngày làm việc trước khi tiến hành cuộc họp. Cuộc họp xử lý kỷ luật lao động được tiến hành khi có đầy đủ các thành phần tham dự được thông báo. Trường hợp NSDLĐ đã 3 lần thông báo bằng văn bản mà một trong các thành phần tham dự không có mặt, thì NSDLĐ tiến hành cuộc họp xử lý kỷ luật lao động (trừ trường hợp đặc biệt NLĐ đang trong thời gian không được xử lý kỷ luật). Cuộc họp xử lý kỷ luật lao động phải được lập thành biên bản và được thông qua các thành viên tham dự trước khi kết thúc cuộc họp. Biên bản phải có đầy đủ chữ ký của các thành phần tham dự cuộc họp và người lập biên bản.
Quyết định xử lý kỷ luật lao động phải được ban hành trong thời hạn của thời hiệu xử lý kỷ luật lao động, hoặc thời hạn kéo dài thời hiệu xử lý kỷ luật lao động theo Điều 124 Bộ luật Lao động 2012. Quyết định xử lý kỷ luật lao động phải được gửi đến các thành phần tham dự phiên họp xử lý kỷ luật lao động.
