Theo đó, để triển khai thực hiện chương trình này, UBND TPHCM đã ban hành Quyết định số 6261/QĐ-UBND ngày 30-11-2016, trong đó, thể hiện rõ mục tiêu là tập trung giải quyết dứt điểm tình trạng ngập nước tại lưu vực Trung tâm TP và một phần của 5 lưu vực ngoại vi (Bắc, Tây, Nam, một phần Đông Bắc, Đông Nam) rộng 550km2 với khoảng 6,5 triệu dân; Đồng thời cải thiện môi trường nước, tăng không gian trữ nước và tạo cảnh quan đô thị, góp phần cải thiện đời sống dân sinh, bảo vệ môi trường TP.
UBND TP giao Trung tâm Điều hành chương trình chống ngập nước thành phố bổ sung, hoàn chỉnh, hệ thống hóa lại báo cáo theo hướng đúc kết những kết quả đạt được từ những nỗ lực mà các sở, ngành, quận, huyện đã thực hiện trong gần 3 năm qua; những hạn chế, công việc chưa hoàn thành, để từ đó có giải pháp triển khai tiếp theo. Về nguồn kinh phí triển khai thực hiện đề xuất cân đối nguồn vốn và chia cho từng dự án cụ thể, trong đó những việc ưu tiên đầu tư.
Để xử lý việc này, UBND TP giao UBND các quận, huyện tập trung xử lý triệt để tình trạng xâm hại, lấn chiếm hệ thống thoát nước, san lấp kênh, rạch; ưu tiên giải quyết ngay các điểm thắt nút cổ chai. Phối hợp với Trung tâm Điều hành chống ngập nước để triển khai công tác duy tu, nạo vét, khơi thông dòng chảy của các kênh, rạch, cống thoát nước đồng bộ, hiệu quả trước mùa mưa để tăng khả năng thoát nước.
Sở GTVT chủ trì, phối họp với Trung tâm Điều hành chương trình chống ngập nước thành phố và các sở, ngành liên quan nghiên cứu, đề xuất, tham mưu UBND TP giải pháp nâng cao năng lực quản lý Nhà nước đối với hệ thống thoát nước trong thời gian tới và báo cáo UBND TP trong tháng 7 này.
Đối với công tác quy hoạch, tập trung các nhóm giải pháp nâng cao chất lượng quy hoạch và quản lý hiệu quả quy hoạch để triển khai đầu tư xây dựng hiệu quả. Vì vậy, quy hoạch thủy lợi chống ngập úng (1547), quy hoạch thoát nước đô thị (752) và quy hoạch hồ điều tiết phải được nghiên cứu, xem xét kỹ và phải kết nối đồng độ, logic với quy hoạch phát triển kinh tế - xã hội và quy hoạch xây dựng không gian ngầm TP.
Sở GTVT, Sở NN-PTNN, Trung tâm Điều hành chương trình chống ngập nước TP và Sở QH-KT trong quá trình lập, thẩm định quy hoạch phải phối hợp chặt chẽ, có giải pháp đấy nhanh tiến độ hoàn thành các đồ án quy hoạch này, tham mưu UBND TP phê duyệt có hiệu quả.
Tăng không gian trữ nước và tạo cảnh quan đô thị cũng là mục tiêu đã đặt ra. Để đạt được mục tiêu này, ngoài giải pháp quy hoạch, đầu tư các hồ điều tiết phân tán và tập trung; nạo vét, chỉnh trang các tuyến kênh, rạch kết hợp với chính trang đô thị thực hiện đồng bộ. Bên cạnh đó, phải bảo tồn, giữ gìn các rạch hiện hữu. Do vậy, nghiêm cấm và xử lý nghiêm, triệt để việc san lấp kênh rạch trong các dự án xây dựng; trong trường hợp bất khả kháng, việc san lấp kênh, rạch cân phải được nghiên cún rất kỹ khả năng thoát nước, trữ nước cho khu vực và có giải pháp thay thế hiệu quả.