Theo đại diện Viện Kiểm sát, bị cáo Trương Mỹ Lan, Chủ tịch HĐQT Tập đoàn VTP là người chi phối, điều hành, chỉ đạo, quyết định mọi hoạt động của Tập đoàn VTP và các pháp nhân thuộc Tập đoàn VTP; là người đưa ra chủ trương và chỉ đạo phát hành trái phiếu doanh nghiệp.
Đồng thời, bị cáo Lan chủ trì họp bàn với các nhân sự chủ chốt của Tập đoàn VTP, Ngân hàng SCB, Công ty TVSI; quyết định sử dụng 4 công ty thuộc Tập đoàn VTP là: An Đông, Sunny World, Quang Thuận và Setra phát hành 25 mã trái phiếu "khống" với tổng khối lượng 308.691.388 trái phiếu; chạy dòng tiền khống để hợp thức nhà đầu tư sơ cấp cho số trái phiếu phát hành, sau đó thông qua Công ty chứng khoán bán trái phiếu cho hàng ngàn nhà đầu tư, thu tiền về sử dụng cho nhiều mục đích khác nhau, không đúng với mục đích phát hành trái phiếu.
Tính đến ngày 7-10-2022, Trương Mỹ Lan và đồng phạm đã chiếm đoạt số tiền hơn 30.000 tỷ đồng của 35.824 bị hại. Ngoài số tiền trên, Chủ tịch HĐQT Tập đoàn VTP cùng đồng phạm đã chiếm đoạt hơn 445.000 tỷ đồng qua việc tham ô hơn 415.000 tỷ đồng của SCB. Để hợp thức hóa nguồn tiền trên, Trương Mỹ Lan chỉ đạo cấp dưới lên phương án thực hiện việc rút, chuyển tiền ra khỏi hệ thống SCB. Trương Mỹ Lan chỉ đạo cấp dưới lập danh sách các pháp nhân, cá nhân nhận tiền, rút tiền, chủ yếu là từ các công ty "ma".
Sau khi nhân viên Tập đoàn VTP và SCB phối hợp, hoàn tất thủ tục rút tiền mặt, các cá nhân được thuê đứng tên công ty “ma” sẽ đến ngân hàng ký chứng từ rút tiền. Tiền sau khi xuất khỏi quỹ SCB được giao cho Bùi Văn Dũng (lái xe của Trương Mỹ Lan) vận chuyển về tòa nhà Sherwood tại số 127 Pasteur (quận 3, TPHCM) giao cho Trần Thị Hoàng Uyên (trợ lý của Trương Mỹ Lan). Uyên tiếp tục giao lại cho các cá nhân theo chỉ đạo của Chủ tịch Tập đoàn VTP.
Bên cạnh đó, tài xế của Trương Mỹ Lan cũng vận chuyển lượng lớn tiền mặt về trụ sở Tập đoàn VTP ở số 193-203 Trần Hưng Đạo (quận 1, TPHCM) hoặc trực tiếp chuyển tiền cho các cá nhân theo chỉ đạo của bị cáo Lan. Tháng 2-2019 đến tháng 9-2022, Dũng theo chỉ đạo của Trương Mỹ Lan đã nhận và vận chuyển hơn 108.000 tỷ đồng và hơn 14,7 triệu USD.
Sau khi chiếm đoạt tiền từ SCB, tùy theo mục đích sử dụng mà Trương Mỹ Lan chỉ đạo các bị cáo khác sử dụng các pháp nhân được thuê và các công ty thuộc Tập đoàn VTP đến ngân hàng ký khống giấy nộp/rút tiền, thực hiện ủy nhiệm chi để chạy dòng tiền theo phương án đề ra. Các dòng tiền này phần lớn để Trương Mỹ Lan chi trả các khoản vay khác tại SCB, chi thực hiện dự án, chi cho nhiều cá nhân, thanh toán các khoản nợ; trả gốc và lãi trái phiếu…
Cơ quan điều tra xác định, các bị cáo rút tiền mặt chuyển cho các cá nhân hơn 15.000 tỷ đồng, chi thực hiện các dự án gần 1.900 tỷ đồng, chi trả nợ hơn 48.000 tỷ đồng, chi trả cho các khoản vay tại SCB hơn 183.000 tỷ đồng, chuyển tiền ra nước ngoài hơn 32.000 tỷ đồng…