Theo cáo trạng của Viện KSND TPHCM, Quỹ phát triển KH-CN TPHCM là tổ chức tài chính hoạt động không vì mục đích lợi nhuận, có chức năng thúc đẩy ứng dụng kết quả nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ, chuyển giao công nghệ của TPHCM…
Hội đồng quản lý Quỹ này do ông Phan Minh Tân làm chủ tịch. Tháng 8-2009, Nguyễn Trọng Vũ là Giám đốc Công ty Đầu tư và Phát triển công nghệ Huy Hoàng có công văn gửi Sở KH-CN TPHCM đề nghị hỗ trợ kinh phí từ ngân sách sự nghiệp khoa học với số tiền 5,1 tỷ đồng để thực hiện dự án 1. Tuy nhiên, công ty này vẫn không hoàn thành dự án, không hoàn trả kinh phí lại quỹ, gây thiệt hại hơn 3,1 tỷ đồng.
Tháng 9-2009, Vũ có công văn gửi Sở KH-CN TPHCM đề nghị vay 10 tỷ đồng để thực hiện dự án 2. Năm 2010, ông Tân ký văn bản kết luận dự án đạt yêu cầu, đồng ý cho vay. Sau khi nhận tiền giải ngân, Vũ xuất cảnh đi nước ngoài ngày 13-5-2011.
Quá trình điều tra, ông Tân khai biết Công ty Huy Hoàng không đủ năng lực tài chính nhưng vẫn đồng ý duyệt cho vay. Tuy nhiên, ông Tân và đồng phạm cho rằng việc xét duyệt cho vay là đúng quy định. Đến ngày 30-6-2021, thiệt hại dự án 2 là gần 19,5 tỷ đồng (cả gốc lẫn lãi). Tổng thiệt hại 2 dự án là hơn 22,6 tỷ đồng.