Nhóm bị can gồm: Võ Thị Chinh Nga (cựu Phó Giám đốc Bệnh viện Mắt TPHCM), Phí Duy Tiến (cựu Phó Giám đốc Bệnh viện Mắt TPHCM), Nguyễn Trí Dũng (sinh năm 1965, cựu Phó Giám đốc Bệnh viện Mắt TPHCM), Nguyễn Quốc Toản (cựu Trưởng Khoa phẫu thuật, gây mê hồi sức thuộc Bệnh viện Mắt TPHCM), Phan Thị Bích Hạnh (sinh năm 1971, cựu Trưởng Phòng Tài chính - Kế toán), Nguyễn Đỗ Nguyên (sinh năm 1962, cựu Trưởng Khoa Tổng hợp) và Lương Ngọc Tuấn (sinh năm 1965, cựu Phó trưởng Khoa Khám mắt).
Các bị cáo bị đưa ra xét xử ở khung hình phạt từ 10 - 20 năm tù về tội “vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng”, do gây thiệt hại cho Quỹ Bảo hiểm y tế và người bệnh hơn 14,2 tỷ đồng. Trong đó, Quỹ Bảo hiểm y tế thanh toán chênh lệch tăng hơn 5,2 tỷ đồng, người bệnh đã thanh toán chênh lệch tăng gần 9 tỷ đồng. Quá trình điều tra, một số bị can và người nhà của bị can đã tự nguyện nộp khắc phục 6,12 tỷ đồng.
Theo cáo trạng, thực hiện chỉ đạo của Nguyễn Minh Khải, cựu Giám đốc Bệnh viện Mắt TPHCM, các bị can trên đã can thiệp bất hợp pháp vào hoạt động đấu thầu, khi sử dụng các tiêu chí đánh giá hàng mẫu được xây dựng độc lập theo ý chí chủ quan, không có trong hồ sơ mời thầu. Từ đó, nhóm bị can chấm “không đạt” đối với nhà thầu Codupha.
Do nhà thầu Codupha bị loại ở phần đánh giá về yêu cầu kỹ thuật nên không được đánh giá về tài chính. Sau đó, bị can Khải ký các quyết định phê duyệt kết quả lựa chọn nhà thầu. Trong đó, nhà thầu Tâm Hợp trúng thầu tại phần thầu số 19, 24, 29; nhà thầu Hào Tín trúng phần thầu số 28.
Trên cơ sở trúng thầu, bị can Khải ký các hợp đồng mua 14.800 thủy tinh thể của Công ty Tâm Hợp, Công ty Hào Tín gần 50 tỷ đồng, buộc bệnh viện và người bệnh phải chi trả chênh lệch hơn 14,2 tỷ đồng.
Đối với số tiền thiệt hại của người bệnh gần 9 tỷ đồng, Cơ quan CSĐT Bộ Công an đã ủy thác điều tra cho 54 công an tỉnh, TP trực thuộc Trung ương để xác minh bị hại là người bệnh đã điều trị phẫu thuật Phaco, thay thủy tinh thể nhân tạo ở các gói thầu trên.
Kết quả xác minh, Cơ quan điều tra đã làm việc với 11.161 người bị hại (là người bệnh), có 9.182 người xác định do số tiền chênh lệch ít - từ vài chục ngàn đến vài trăm ngàn, cao nhất là 1 triệu đồng, và hiện đã khỏi bệnh nên đề nghị cơ quan tố tụng sung công quỹ nhà nước phần chênh lệch và không có kiến nghị gì khác; 1.979 người đề nghị bồi thường thiệt hại. Hiện còn 3.637 người bị hại, Cơ quan điều tra đã có thông báo trên phương tiện thông tin đại chúng nhưng đến nay không ai trình báo.
Ngoài ra, quá trình điều tra, cơ quan điều tra nhận định do chưa thu thập được tài liệu nào chứng minh những pháp nhân và cá nhân khác liên quan đến vụ án có hành vi tác động, sử dụng lợi ích vật chất hay lợi ích khác đối với cựu Giám đốc bệnh viện hay các bác sĩ, thành viên các Tổ xét thầu để được lựa chọn trúng thầu trái pháp luật. Vì thế, Cơ quan điều tra chưa có căn cứ để xem xét xử lý.