Đại hội đã biểu quyết thông qua Nghị quyết Đại hội đại biểu Đảng bộ Quân sự TPHCM (nhiệm kỳ 2020-2025) với trọng tâm phương hướng nhiệm vụ bao gồm: Quán triệt sâu sắc Nghị quyết Đại hội lấn thứ XIII của Đảng và nghị quyết đại hội Đảng cấp trên; Tham mưu cấp ủy, chính quyền địa phương xây dựng nền quốc phòng toàn dân, thế trận quốc phòng toàn dân gắn với thế trận an ninh vững mạnh, khu vực phòng thủ vững chắc; Xây dựng Đảng bộ Quân sự TPHCM vững mạnh về chính trị, tư tưởng và đạo đức; Lực lượng vũ trang thành phố vững mạnh toàn diện, có chất lượng tổng hợp và sức chiến dấu ngày càng cao, đáp ứng yêu cầu nhiệm vụ.
Đại hội biểu quyết nhất trí với 21 chỉ tiêu thể hiện trên 3 mặt công tác: Xây dựng thế trận quốc phòng toàn dân và khu vực phòng thủ (9 chỉ tiêu), xây dựng đơn vị vững mạnh toàn diện (7 chỉ tiêu) và xây dựng Đảng bộ trong sạch vững mạnh (5 chỉ tiêu).
Đại hội tiếp thu các ý kiến chỉ đạo của đồng chí Nguyễn Thiện Nhân, Ủy viên Bộ Chính trị, Bí thư Thành ủy TPHCM và đồng chí Trung tướng Trần Hoài Trung, Bí thư Đảng ủy, Chính ủy Quân khu 7 với yêu cầu lãnh đạo thực hiện tốt nhiệm vụ quân sự, quốc phòng địa phương; Tiếp tục đột phá nâng cao chất lượng công tác tham mưu cấp ủy, chính quyền lãnh đạo, chỉ đạo, quán triệt, triển khai thực hiện có hiệu quả nhiệm vụ quân sự, quốc phòng địa phương, nhất là những chủ trương mới, đề án mới, dự án mới, các dự án chiến lược.
Tham mưu thực hiện tốt quy chế phối hợp giữa Ban Thường vụ Thành ủy với Ban Thường vụ Quân ủy Trung ương, Ban Thường vụ Đảng ủy Quân khu 7; Tăng cường phối hợp, làm tốt công tác nắm tình hình, kịp thời tham mưu cho cấp ủy, chính quyền địa phương chỉ đạo, xử lý có hiệu quả, đúng pháp luật những vụ việc xảy ra trên địa bàn, không để bị động, bất ngờ trong mọi tình huống; Đẩy mạnh công tác quản lý Nhà nước về quốc phòng; Tập trung xây dựng, củng cố nền quốc phòng toàn dân, thế trận quốc phòng toàn dân gắn với thế trận an ninh nhân dân vững mạnh.
Đại hội cũng thông qua kết quả bầu cử Ban chấp hành Đảng bộ Quân sự TPHCM nhiệm kỳ 2020-2025 với 17 đồng đồng chí; bầu đoàn đại biểu đi dự Đại hội Đảng bộ TPHCM lần thứ XI gồm 4 đồng chí.
Đại hội kêu gọi toàn thể cán bộ, đảng viên, chiến sĩ, dân quân tự vệ, dự bị động viên trong lực lượng vũ trang thành phố quán triệt phương châm đoàn kết - dân chủ - kỷ cương - sáng tạo - quyết thắng, nỗ lực phấn đấu, phát huy truyền thống anh hùng, vượt mọi khó khăn, nêu cao tinh thần chủ động, sáng tạo, thực hiện thắng lợi mục tiêu, chỉ tiêu, nhiệm vụ, Nghị quyết Đại hội đại biểu Đảng bộ Quân sự TPHCM lần thứ XII đề ra, góp phần thực hiện thắng lợi Nghị quyết Đại hội Đảng bộ TPHCM lần thứ XI, Nghị quyết đại biểu Đảng bộ Quân khu 7 lần thứ X và Nghị quyết Đại hội Đảng toàn quốc lần thứ XIII.