Theo kế hoạch, đề án phát triển TP Thủ Đức phải đề xuất các cơ chế, chính sách đặc thù chưa được quy định hoặc khác với các quy định hiện hành. Các đề xuất phải đi vào cụ thể các lĩnh vực như chính sách nguồn nhân lực; tài chính, ngân hàng; doanh nghiệp và đầu tư; đất đai, tài nguyên môi trường; xây dựng, quy hoạch và hạ tầng đô thị… Thông qua đó nhằm kiến nghị với Trung ương tạo hành lang pháp lý thuận lợi để phát triển TP Thủ Đức.
UBND TPHCM giao Sở KH-ĐT chủ trì xây dựng đề cương đề án phát triển TP Thủ Đức, phối hợp với Sở Nội vụ tham mưu UBND TPHCM bàn hành quyết định thành lập tổ biên soạn đề án (Sở KH-ĐT là cơ quan thường trực). Tổ sẽ tham mưu UBND TPHCM tổ chức các hội thảo khoa học, tiếp thu ý kiến của các ngành, các tổ chức nghiên cứu, các cơ quan trung ương để hoàn thiện đề án, trình các cấp có thẩm quyền tại TPHCM và Trung ương. Các sở, ngành của thành phố cũng được yêu cầu đánh giá thực trạng phát triển kinh tế - xã hội của TP Thủ Đức, xác định các điểm nghẽn, từ đó đề xuất cụ thể các cơ chế, chính sách tháo gỡ.
