Trong đó, Bộ GTVT phải xây dựng kế hoạch, tiến độ chi tiết các thủ tục, công việc chính phải thực hiện, từ thời điểm lập báo cáo nghiên cứu khả thi đến thời điểm khởi công xây dựng; đưa ra dự kiến kế hoạch tổng thể để khai thác, vận hành dự án bảo đảm khoa học, toàn diện, đồng bộ, khả thi.
Đồng thời, Bộ GTVT phải xác định cách thức tiến hành, nhiệm vụ, trách nhiệm cụ thể của các bộ, ngành, địa phương để triển khai các cơ chế đặc thù, đặc biệt đã được Quốc hội thông qua. Trong đó, nghị quyết phải xác định rõ hình thức văn bản và thẩm quyền ban hành, cơ quan chủ trì, thời gian trình, ban hành.
Đối với một số nội dung công việc cần ưu tiên triển khai ngay, Bộ GTVT chủ trì phối hợp với các bộ, cơ quan liên quan khẩn trương rà soát, hoàn thiện hệ thống tiêu chuẩn, quy chuẩn kỹ thuật về đường sắt tốc độ cao; rà soát, xác định nhu cầu đào tạo nguồn nhân lực (số lượng, chuyên ngành đào tạo, trình độ đào tạo, thời gian đào tạo...).
Bên cạnh đó, Bộ GTVT được giao chủ trì, phối hợp với Bộ GD-ĐT thực hiện đào tạo theo đặt hàng của Chính phủ, trong đó nghiên cứu mô hình, phương thức đào tạo trong nước, nước ngoài; xác định danh mục dịch vụ, hàng hóa công nghiệp đường sắt được giao nhiệm vụ, đặt hàng; nghiên cứu, lựa chọn các doanh nghiệp trong nước có năng lực kinh nghiệm để phối hợp, chuyển giao công nghệ, từng bước nâng cao tỷ lệ nội địa hóa; cơ chế lựa chọn nhà thầu phù hợp...
Bộ GTVT cũng phải khẩn trương kiện toàn mô hình Ban Quản lý dự án đường sắt để đáp ứng yêu cầu nhiệm vụ; tái cơ cấu Tổng Công ty Đường sắt Việt Nam để chủ động tham mưu, phối hợp xử lý ngay từ giai đoạn chuẩn bị đầu tư dự án cũng như tiếp nhận quản lý, khai thác, vận hành sau khi dự án hoàn thành.
Với các bộ, ngành khác, Bộ Xây dựng được giao chủ trì hướng dẫn quy định về nội dung, yêu cầu của thiết kế kỹ thuật tổng thể (thiết kế FEED) thay cho thiết kế cơ sở và hướng dẫn các công việc liên quan; hướng dẫn áp dụng, sử dụng hệ thống định mức, đơn giá, suất vốn đầu tư... để lập tổng mức đầu tư dự án; hướng dẫn áp dụng mẫu hợp đồng của Hiệp hội tư vấn quốc tế (hợp đồng FIDIC) để thực hiện các gói thầu thuộc dự án.
Bộ KH-ĐT được giao tham mưu thành lập Hội đồng thẩm định Nhà nước; phối hợp với Bộ GTVT, Bộ Xây dựng tổ chức lựa chọn tư vấn thẩm tra để tiến hành thẩm tra, thẩm định song song với quá trình lập, hoàn thiện báo cáo nghiên cứu khả thi.
Bộ Tài chính được giao chủ trì phối hợp các bộ nghiên cứu phương án huy động vốn đầu tư để thực hiện dự án, trong đó cần xác định rõ nhu cầu vốn, kế hoạch vốn, các loại nguồn vốn (ngân sách nhà nước, trái phiếu Chính phủ, ODA, nguồn thu từ đất đai, xã hội hóa...) để có phương án, bố trí kế hoạch vốn phù hợp.
Bộ TN-MT được giao chủ trì tham mưu các nội dung liên quan đến công tác bồi thường, hỗ trợ, tái định cư cho diện tích đất để thực hiện dự án, tạo quỹ đất phát triển đô thị, nông thôn theo hướng tuyến giao thông (TOD), đất tái định cư, đất khu vực mỏ khoáng sản làm vật liệu xây dựng thông thường.
Tổng Công ty Đường sắt Việt Nam được giao chủ động nghiên cứu, đề xuất phương án tái cơ cấu và khả năng tham gia các khâu từ xây dựng, đầu tư sản xuất, vận hành, duy tu bảo dưỡng.
