Cụ thể, theo quy định thì người đứng đầu đơn vị sự nghiệp công lập được ngân sách nhà nước cấp toàn bộ kinh phí hoạt động và đơn vị sự nghiệp công lập được ngân sách nhà nước cấp một phần kinh phí hoạt động thuộc cơ quan chuyên môn thuộc UBND cấp tỉnh là công chức. Tuy nhiên, quy định nêu trên không nêu rõ kinh phí hoạt động có bao gồm chi phí hoạt động đầu tư hay không.
Vì thực tế hiện nay, nhiều đơn vị sự nghiệp công lập trên địa bàn TPHCM được phân loại là đơn vị sự nghiệp công lập tự đảm bảo toàn bộ chi phí hoạt động thường xuyên nhưng không tự đảm bảo toàn bộ chi phí đầu tư (như Bệnh viện Nguyễn Trãi, Bệnh viện Mắt…), nên chưa có cơ sở xác định người đứng đầu những đơn vị này là công chức hay viên chức.
Việc chưa rõ ràng trong phân loại công chức, viên chức đối với giám đốc các bệnh viện dẫn đến một số khó khăn vướng mắc trong thực tế.
Bà Nguyễn Thị Minh Khanh, Phó Trưởng phòng Tổ chức cán bộ Sở Y tế TPHCM, nêu dẫn chứng trong công tác đào tạo, sở này đã có kế hoạch cử các giám đốc bệnh viện đi đào tạo ở New Zealand.
Theo quy định, các nhân sự này là công chức, sẽ được ngân sách chi. Nhưng thực tế các giám đốc bệnh viện vẫn ăn lương của đơn vị sự nghiệp công lập như một viên chức. Do vậy, trong chế độ đào tạo chưa rõ nên áp dụng chế độ cho công chức hay viên chức.
