Dự thảo quy hoạch xác định vị trí địa lý quan trọng của TPHCM: nằm ở điểm chuyển tiếp giữa các hệ sinh thái và các vùng địa hình với rủi ro ngập khác nhau, vùng rừng núi ở phía Đông Bắc và vùng đồng bằng thấp ở phía Tây Nam, giữa vùng thượng nguồn cao ráo phía Bắc sông Sài Gòn với vùng rừng ngập mặn phía Nam ở Cần Giờ, nơi 2 con sông lớn đổ ra biển.