Theo cơ quan tố tụng, các bị can bị truy tố gồm: Nguyễn Bích Quy (sinh năm 1964, người đưa đón học sinh) và Doãn Quý Phiến (sinh năm 1966, tài xế) về tội "Vô ý làm chết người"; bị can Nguyễn Thị Thủy (sinh năm 1990, chủ nhiệm lớp học sinh L.H.L) về tội "Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng".
Theo cáo trạng truy tố, khoảng 6 giờ ngày 6-8-2019, ông Doãn Quý Phiến điều khiển xe ô tô đón bà Nguyễn Bích Quy để đi đón 13 học sinh theo danh sách đến trường Gateway, trong đó có học sinh L.H.L.
Đến 7 giờ 22 phút cùng ngày, ông Phiến điều khiển xe chở 13 học sinh đến cổng phụ của trường Gateway. Bà Quy xuống trước, mở cửa xe ô tô cho các học sinh xuống. Khi đó, có 2 cháu là chị em sinh đôi quấy khóc nên bà Quy một tay bế 1 cháu, tay kia dắt cháu thứ 2 xuống xe.
Lúc này, các cháu học sinh đã xuống xe nhưng không có cháu L.H.L.. Bà Nguyễn Bích Quy không kiểm tra xe ô tô mà đóng ngay cửa xe và đưa các cháu học sinh vào trong sân trường.
Sau đó ông Phiến tiếp tục lái xe đi về bãi gửi xe ở ký túc xá Học viện Báo chí và Tuyên truyền. Tại đây, ông Phiến dừng xe, tắt máy, mở cửa bên ghế lái, xuống xe, bấm khóa cửa tự động và rời khỏi bãi xe, không kiểm tra và vệ sinh trong, ngoài xe.
Đối với bà Nguyễn Bích Quy, sau khi đưa học sinh vào lớp, bà xuống Phòng vận hành tại tầng 1 của trường và ký vào sổ báo cáo tình trạng xe buýt số 19 ngày 6-8, có 13 học sinh đi học.
Đến 16 giờ chiều cùng ngày, bà Quy quay trở lại trường để đưa các học sinh về nhà. Trong khi đó, ông Doãn Quý Phiến lúc 15 giờ 30 đến lấy xe ở Học viện Báo chí và Tuyên truyền, trong quá trình lấy xe, ông không kiểm tra trong xe mà lên thẳng ghế lái để đưa xe về cổng chính trường Gateway.
Lúc này, bà Quy đang tập trung các học sinh ở điểm chờ xe buýt số 19 của trường và phát hiện thiếu cháu L. nên nhờ người đi tìm, bà Quy tiếp tục dẫn các cháu học sinh ra xe ô tô. Khi mở cửa xe, phát hiện cháu L. đang nằm dưới sàn phía sau ghế lái liền hô hoán. Một nhân viên bảo trì của trường nghe thấy chạy ra bế cháu L.H.L. vào phòng y tế của trường để sơ cứu và gọi xe cứu thương 115 đưa cháu L.H.L. đi cấp cứu. Tuy nhiên, học sinh này đã không qua khỏi.
Theo cáo trạng, bà Quy do cẩu thả trong việc kiểm tra, quản học sinh; ông Phiến không kiểm tra khoang hành khách xe nên để học sinh L. bị bỏ quên; bà Thủy không thực hiện trách nhiệm của giáo viên chủ nhiệm khi điểm danh.