Trong vụ án, bị can Đoàn Văn Huấn (sinh năm 1958, Chủ tịch HĐQT Công ty Thái Dương) bị đề nghị truy tố về 3 tội danh "Vi phạm quy định về thăm dò, khai thác tài nguyên", "Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng" và "Gây ô nhiễm môi trường".
Nhóm 7 người là cựu lãnh đạo, nhân viên Bộ TN-MT và Sở TN-MT tỉnh Yên Bái bị đề nghị truy tố về tội "Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát, lãng phí". Các bị can gồm: Nguyễn Linh Ngọc (cựu Thứ trưởng Bộ TN-MT); Nguyễn Văn Thuấn (cựu Tổng Cục trưởng Tổng cục Địa chất và Khoáng sản); Hoàng Văn Khoa (cựu Vụ trưởng Vụ Khoáng sản); Hồ Đức Hợp (cựu Giám đốc Sở TN-MT tỉnh Yên Bái)…
Liên quan tới vụ án, các bị can khác bị đề nghị truy tố về các hành vi như: Buôn lậu, tiêu thụ tài sản do người khác phạm tội mà có, gây ô nhiễm môi trường, vi phạm quy định kế toán…
Theo kết luận, trong vụ án, một số lãnh đạo, cán bộ Bộ TN-MT có vi phạm trong việc cấp giấy phép khai thác khoáng sản số cho Công ty Thái Dương năm 2013.
Theo đó, doanh nghiệp này được Bộ TN-MT cấp phép thăm dò đất hiếm tại mỏ Yên Phú (tỉnh Yên Bái) từ năm 2009. Đến tháng 5-2011, Công ty Thái Dương nộp hồ sơ xin khai thác quặng đất hiếm nhưng chưa được thông qua. Năm 2012, Thủ tướng Chính phủ ra chỉ thị, yêu cầu khai thác khoáng sản nhất thiết phải gắn với chế biến sâu. Công ty Thái Dương phải lập, bổ sung dự án "Đầu tư xây dựng tổ hợp chế biến sâu đất hiếm" (dự án), trình các cơ quan có thẩm quyền thẩm định và xin ý kiến Chính phủ.
Sau khi Bộ Công thương thẩm định dự án, đã báo cáo Thủ tướng kết quả là khả thi. Chính phủ giao Bộ TN-MT thẩm định cấp phép cho Công ty Thái Dương. Theo kết luận điều tra, tại thời điểm tháng 6-2013, việc cấp phép được thực hiện theo quy định của Luật Khoáng sản năm 2010 nên dự án đã thay đổi cả về quy mô và tính chất, không chỉ có dự án khai thác, tuyển quặng như khi xin cấp phép năm 2011.
Theo đó, dự án sẽ phải gồm 3 thành phần và không thể tách rời. Tuy nhiên, trong hồ sơ xin cấp phép của Công ty Thái Dương mới chỉ có giấy chứng nhận đầu tư dự án khai thác, tuyển quặng do UBND tỉnh Yên Bái cấp năm 2011, hết hạn năm 2012.
Mặt khác, vốn chủ sở hữu của Công ty Thái Dương chỉ có 200 tỷ đồng, không đảm bảo tỷ lệ vốn ít nhất bằng 30% tổng số vốn đầu tư của dự án (1.953 tỷ đồng) theo quy định tại Luật Khoáng sản năm 2010. Dù vậy, nhóm cán bộ Tổng cục Địa chất và Khoáng sản được giao nhiệm vụ thẩm định hồ sơ, đứng đầu là bị can Nguyễn Văn Thuấn (Tổng Cục trưởng), dù biết Công ty Thái Dương không đủ điều kiện nhưng vẫn đề xuất lãnh đạo Bộ TN-MT cấp giấy phép. Bị can Nguyễn Linh Ngọc, Thứ trưởng Bộ TN-MT, ký giấy phép này.
Tại tỉnh Yên Bái, kết quả điều tra cho thấy sau khi được cấp phép, Công ty Thái Dương không thực hiện đúng các nội dung theo quy định, đặc biệt là không tinh luyện quặng đất hiếm trước khi bán mà tiêu thụ quặng thô. Sở TN-MT tỉnh Yên Bái biết những sai phạm của Công ty Thái Dương nhưng không tổ chức thanh tra, kiểm tra; không có biện pháp xử lý theo thẩm quyền hoặc kiến nghị cấp có thẩm quyền xử lý để ngăn chặn, chấn chỉnh.
