Lý do dự án bị thu hồi vì dự án đầu tư đã bị ngưng hoạt động mà nhà đầu tư không có khả năng khắc phục điều kiện ngừng hoạt động, cụ thể là khắc phục được các sai phạm; sau 12 tháng mà nhà đầu tư không thực hiện hoặc không có khả năng thực hiện dự án theo tiến độ đăng ký với cơ quan đăng ký đầu tư và không thuộc trường hợp được giãn tiến độ thực hiện dự án đầu tư.
Như Báo SGGP đã có loạt bài phản ánh, năm 2013, UBND tỉnh Khánh Hòa đã cấp giấy chứng nhận đầu tư cho Công ty TNHH Sinh thái Hòn Rùa thực hiện dự án trồng rừng, nuôi rong biển kết hợp du lịch sinh thái đảo Hòn Rùa, nằm trong khu vực danh thắng quốc gia vịnh Nha Trang (phường Vĩnh Hòa, TP Nha Trang).
Dự án có diện tích hơn 14ha, trong đó có 2,75ha diện tích đất, 0,125ha diện tích bãi biển và bãi đá, còn lại 11,3ha là diện tích mặt nước liền kề. Tổng vốn đầu tư của dự án là 56 tỷ đồng.
Tuy nhiên, trong quá trình thực hiện, chủ đầu tư đã tự đổ đất đá lấp biển vịnh Nha Trang ngoài ranh giới dự án được giao tại khu vực đảo Hòn Rùa, với diện tích 12.870,2m²; thi công xây dựng trái phép đường giao thông nội bộ trên đảo Hòn Rùa ngoài ranh giới được giao với diện tích 1.068m²; không lập và gửi kế hoạch quản lý về môi trường theo quy định và không thực hiện chương trình giám sát môi trường theo quy định. Từ đó, UBND tỉnh Khánh Hòa đã ra quyết định xử phạt Công ty TNHH Sinh thái Hòn Rùa tổng số tiền 175 triệu đồng.
