Theo đó, ông Đặng Văn Quyền, Trưởng phòng Quản lý xây dựng công trình và ông Võ Văn Tân, chuyên viên phòng này, bị kỷ luật với hình thức khiển trách, vì đã thực hiện không đúng, không đầy đủ các quy định trong quản lý đầu tư, xây dựng. Liên quan đến việc tham mưu để UBND tỉnh Nghệ An ra quyết định cho phép chỉ định thầu đối với gói thầu Tư vấn khảo sát thiết kế (gói số 1) và Tư vấn giám sát công trình (gói số 3) trong dự án trên, Văn phòng UBND tỉnh nghệ An cũng đã tiến hành kiểm điểm, rút kinh nghiệm đối với ông Tăng Văn Canh, Trưởng phòng Nông nghiệp thuộc Văn phòng UBND tỉnh.
Trước đó, UBND huyện Nghi Lộc đã kỷ luật với hình thức giáng chức đối với ông Nguyễn Hoàng Lộc, Giám đốc Ban Quản lý Dự án đầu tư xây dựng huyện, từ giám đốc xuống phó giám đốc ban do đã có vi phạm trong công tác quản lý, thực hiện “Dự án nâng cấp hệ thống thủy lợi ngăn mặn, chống hạn xã Nghi Vạn”. Ông Nguyễn Duy Biểu, Phó Giám đốc ban cũng bị kỷ luật với hình thức cảnh cáo vì những vi phạm trong quản lý, triển khai dự án. Ngoài ra, 4 cán bộ thuộc ban quản lý dự án này cũng bị kỷ luật với các hình thức cảnh cáo, khiển trách và kiểm điểm rút kinh nghiệm.
Ngày 12-12-2017, Báo SGGP đã có bài “Dự án 80 tỷ đồng ngăn mặn, chống hạn: Mới triển khai đã bị thanh tra”. Sau khi báo đăng, các cơ quan chức năng ở Nghệ An đã thanh tra phát hiện nhiều sai phạm tại dự án này, như: sai phạm trong công tác đấu thầu, thiết kế, thi công; các đơn vị khảo sát thiết kế, tư vấn giám sát, thi công xây lắp đã làm giả hồ sơ để được trúng thầu…