Theo cáo trạng, quá trình cổ phần hóa doanh nghiệp nhà nước, các bị cáo Phạm Dũng (cựu Chủ tịch Hội đồng thành viên Cienco 1); Cấn Hồng Lai (cựu Tổng Giám đốc Cienco 1); Nguyễn Chiến Thắng (cựu Vụ trưởng Vụ Quản lý doanh nghiệp, Bộ GTVT); Đào Thanh Thảo (cựu Phó Vụ trưởng Vụ Tài chính, Bộ GTVT) và các bị cáo khác đã có nhiều sai phạm trong việc xác định giá trị doanh nghiệp để cổ phần hóa dẫn đến thiệt hại cho Nhà nước gần 185 tỷ đồng.
Các bị cáo: Phạm Dũng, Cấn Hồng Lai còn có hành vi không thực hiện việc xác định lại giá trị tài sản là quyền sử dụng đất của Cienco 1 theo giá thị trường để tính vào giá trị khi cổ phần hóa, gây thiệt hại cho Nhà nước 54,7 tỷ đồng.
Tại phiên tòa, các bị cáo Cấn Hồng Lai, Phạm Dũng thừa nhận hành vi như cáo trạng truy tố. Các bị cáo còn lại khai nhận hành vi, thừa nhận giúp sức và làm theo chỉ đạo của cấp trên.
Trong quá trình thẩm vấn, bị cáo Lê Văn Long (cựu Kế toán trưởng Cienco 1) và cấp dưới là Nguyễn Thị Bích Hạnh đã đổ lỗi cho nhau trong việc soạn thảo tờ trình (không số) cho lãnh đạo để từ đó ban hành quyết định xác định nguồn nợ khó đòi gần 185 tỷ đồng.