Theo phán quyết của tòa phúc thẩm, bị cáo Nguyễn Văn Thanh Hải (cựu kế toán trưởng Công ty cổ phần Dược phẩm Cửu Long) được giảm từ 6 năm tù còn 5 năm tù về tội “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ”; bị cáo Nguyễn Nam Liên (cựu Vụ trưởng Vụ Kế hoạch - Tài chính của Bộ Y tế) được giảm từ 24 tháng tù còn 15 tháng tù về tội “Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng”.
Tại phiên phúc thẩm, 2 bị cáo này đã thành khẩn thừa nhận sai phạm. Trong đó, bị cáo Hải được ghi nhận đã khắc phục xong hậu quả với số tiền hơn 168 triệu đồng, bị cáo Liên nộp thêm 200 triệu đồng khắc phục hậu quả và không có tình tiết tăng nặng.
Bị cáo Lương Văn Hóa (cựu Chủ tịch HĐQT kiêm Tổng Giám đốc Công ty cổ phần Dược phẩm Cửu Long) cũng có đơn xin giảm án nhưng do đã chết vì mắc bệnh vào ngày 6-3, nên tòa phúc thẩm quyết định hủy bản án sơ thẩm về phần dân sự, đình chỉ xét xử phúc thẩm hình sự đối với ông Hóa.