Kết luận điều tra cho thấy, ngày 14-5-2019, Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an khởi tố, điều tra vụ án hình sự xảy ra tại Công ty TNHH Thương mại và Dịch vụ Nhật Cường (Công ty Nhật Cường) và một số đơn vị liên quan (gọi chung là vụ án Công ty Nhật Cường).
Để nắm thông tin điều tra, ông Nguyễn Đức Chung thông qua ông Phan Huy Lệ (Chủ tịch Hội đồng thành viên, Tổng Giám đốc Công ty TNHH Hà Thành) giới thiệu, làm quen với Phạm Quang Dũng, cựu cán bộ Cục Cảnh sát điều tra tội phạm về tham nhũng, kinh tế, buôn lậu, Bộ Công an.
Một tháng sau, ông Chung đặt vấn đề với Dũng và được đồng ý thu thập, cung cấp thông tin, tài liệu về tình hình, tiến độ và kết quả điều tra vụ án Công ty Nhật Cường.
Ông Dũng đã lợi dụng việc được trưng dụng hỗ trợ điều tra vụ án Nhật Cường để lấy thông tin, tài liệu mà mình được phép tiếp cận hoặc đột nhập phòng làm việc của cán bộ chiến sĩ Phòng 14, Cục Cảnh sát kinh tế (đơn vị được giao thụ lý vụ án) chụp trộm các tài liệu, báo cáo.
Theo Kết luận điều tra, từ tháng 7-2019 đến tháng 6-2020, ông Dũng đã nhiều lần thu thập, chiếm đoạt được tài liệu có liên quan đến vụ án Công ty Nhật Cường.
Từ kết luận điều tra, cơ quan chức năng có đủ căn cứ xác định, 3 lần ông Dũng chuyển 12 tài liệu của vụ án Công ty Nhật Cường cho ông Nguyễn Đức Chung. Trong đó có 6 tài liệu thuộc danh mục bí mật Nhà nước độ “Mật”.
Kết luận điều tra cho rằng, hành vi của ông Nguyễn Đức Chung đã phạm vào hành vi "Chiếm đoạt tài liệu bí mật Nhà nước" với vai trò chủ mưu, cầm đầu.
Quá trình điều tra, ông Nguyễn Đức Chung thừa nhận, khai báo rõ hành vi phạm tội của bản thân.