Theo cáo buộc, tại một số phân đoạn, nhà thầu thi công và các đơn vị liên quan không thực hiện nghiệm thu chuyển giai đoạn sau khi thi công xong lớp đất nền K98 để đánh giá chất lượng các lớp vật liệu đã thi công như quy định (gói thầu số 1, 2, 7).
Đối với gói số 1, số 2, số 3B và số 4, việc chuẩn bị tổ chức thực hiện thi công, nghiệm thu lớp bê tông nhựa tạo nhám theo công nghệ VTO đã được đơn vị thiết kế kỹ thuật, chủ đầu tư dự án xây dựng, phê duyệt.
Cơ quan điều tra cũng cáo buộc bị cáo Nguyễn Mạnh Hùng (cựu Phó Tổng Giám đốc VEC, Chủ tịch hội đồng nghiệm thu cơ sở dự án đường cao tốc Đà Nẵng - Quảng Ngãi) đã để một số nhà thầu tại các gói thầu tự chuyển từ công nghệ thi công VTO sang công nghệ thi công Novachip đối với lớp bê tông nhựa tạo nhám, trong điều kiện VEC và các đơn vị liên quan chưa nghiên cứu, thử nghiệm hiệu quả của công nghệ này.
Tại tòa, một số bị cáo thừa nhận hành vi như cáo trạng truy tố, nhưng đều đề nghị tòa xem xét lại hành vi, bởi họ cho rằng chỉ làm công ăn lương, hơn nữa một số dấu hiệu kém chất lượng của vật liệu thi công đã được cảnh báo lên cấp trên nhưng không có động thái, khiến họ rơi vào cảnh bị động phải thực hiện nhiệm vụ được phân công.
Bị cáo Lương Chung Dũng bị cáo buộc trong thời gian giữ chức vụ Chỉ huy trưởng công trường, đại diện Công ty Thành Phát thi công tại gói thầu số 5, trực tiếp ký các tài liệu để tổ chức thi công, nghiệm thu: Ký 919 biên bản nghiệm thu chuyển giai đoạn sau khi thi công xong các lớp vật liệu tại các phân đoạn do Công ty Thành Phát thi công; ký hơn 2.400 biên bản các loại sau khi thi công các lớp vật liệu do Công ty Phương Thành thi công và đại diện nhà thầu thi công… bị cáo này đã cùng đồng phạm gây thiệt hại số tiền gần 26 tỷ đồng.
Tại tòa, bị cáo Lương Trung Dũng thừa nhận tội danh như cáo trạng truy tố và không có ý kiến gì về nội dung cáo trạng. Tuy nhiên, để xem xét bản chất vấn đề, bị cáo này đề nghị HĐXX xem xét về hành vi phạm tội, bởi bị cáo chỉ làm công ăn lương.
Bi cáo Nguyễn Thành An sau đó được gọi lên trả lời HĐXX làm rõ một số vấn đề liên quan. Trước đó, cáo trạng quy kết bị cáo An trong thời gian giữ chức Phó Giám đốc Ban điều hành liên danh, gói thầu số 7, kiêm Giám đốc Ban điều hành Cienco 1 đã trực tiếp ký nhiều tài liệu để tổ chức thi công, nghiệm thu, nhưng tại phân đoạn Km61+300 - Km62+020 (Cienco1 thi công) không có biên bản nghiệm thu chuyển giai đoạn sau khi thi công xong lớp đất nền K98; phân đoạn Km61+300 - Km61+960 (Cienco1 thi công) cũng không có biên bản nghiệm thu chuyển giai đoạn sau khi thi công xong lớp đá dăm gia cố nhựa ATB, đá dăm gia cố xi măng CTB giữa nhà thầu thi công, nhà thầu tư vấn giám sát và Ban QLDA. Nguyễn Thành An phải liên đới chịu trách nhiệm đối với số tiền gây thiệt hại hơn 73 tỷ đồng.
Trước bục khai báo, bị cáo An thừa nhận có sơ suất gây thiệt hại cho toàn bộ công trình, nhưng lại đổ trách nhiệm giám sát chất lượng công trình cho cán bộ kỹ thuật và giám sát.
Làm rõ vai trò của bị cáo Hoàng Trung Hậu, HĐXX đề nghị bị cáo xác nhận đã ký các văn bản nghiệm thu kết quả kiểm nghiệm vật liệu trước khi đưa vào thi công. Bị cáo Hậu là kỹ sư vật liệu gói thầu số 1, số 2, đã trực tiếp xác nhận các tài liệu liên quan đến chất lượng vật liệu không đảm bảo tiêu chuẩn kỹ thuật. Tại tòa, bị cáo cũng trình bày lại nội dung này và khẳng định sau khi có cảnh báo chất lượng vật liệu lên cấp trên nhưng không có hồi âm hay chỉ đạo nên bị cáo thực hiện nhiệm vụ được giao.
Trong quá trình điều tra, xác định Hoàng Trung Hậu đã làm trái các quy định của pháp luật, đồng phạm với các bị can khác về tội “Vi phạm quy định về đầu tư công trình xây dựng gây hậu quả nghiêm trọng”, gây thiệt hại và phải chịu trách nhiệm đối với số tiền hơn 125 tỷ đồng. “Bị cáo không có ý kiến gì với tội danh cáo trạng đã truy tố, bị cáo chỉ xác nhận rằng trong quá trình làm việc, bị cáo có áp lực về công việc, khối lượng công việc lớn nên quá trình làm việc có thiếu sót, mong HĐXX xem xét”, bị cáo Hậu trình bày.
Các bị cáo sau đó đều thừa nhận nội dung như cáo trạng truy tố là đúng. Một số bị cáo đề nghị cần có cách tính giá trị thiệt hại của kết quả giám định và cần có cơ quan chuyên ngành để đánh giá lại kết quả giám định.
Trong vụ án này, thiệt hại được xác định là giá trị các hạng mục công trình xây dựng không đảm bảo chất lượng tại các gói thầu, nhưng đã được Chủ đầu tư và các đơn vị liên quan nghiệm thu, thanh toán với số tiền đặc biệt lớn là hơn 811 tỷ đồng cho các nhà thầu thi công. Đây chính là hậu quả đặc biệt nghiêm trọng của vụ án.