Sau lễ đón, Thủ tướng Nguyễn Xuân Phúc đã hội đàm với Thủ tướng Mahathir Mohamad. Tại hội đàm, Thủ tướng Nguyễn Xuân Phúc bày tỏ tin tưởng chuyến thăm của Thủ tướng Mahathir Mohamad sẽ góp phần quan trọng vào việc củng cố tình hữu nghị và quan hệ Đối tác Chiến lược Việt Nam - Malaysia trong tình hình mới và chúc mừng Malaysia, dưới sự lãnh đạo của Thủ tướng Mahathir, tiếp tục duy trì đà tăng trưởng ổn định và không ngừng nâng cao năng lực cạnh tranh toàn cầu, hướng tới mục tiêu “Chia sẻ thịnh vượng 2030”.
Thủ tướng Mahathir đánh giá cao những thành tựu quan trọng của Việt Nam trong công cuộc xây dựng và phát triển đất nước, nâng cao vai trò, vị thế ở khu vực và quốc tế; khẳng định Malaysia luôn coi trọng tăng cường quan hệ Đối tác Chiến lược với Việt Nam, láng giềng thân thiết và đối tác tin cậy tại khu vực, đặc biệt là trong khuôn khổ Cộng đồng ASEAN.
Trao đổi về quan hệ hai nước, hai nhà lãnh đạo nhất trí trong bối cảnh khu vực châu Á - Thái Bình Dương nói chung và ASEAN nói riêng đang đứng trước những thay đổi sâu sắc, hai nước cần tăng cường và làm sâu sắc hơn nữa quan hệ Đối tác Chiến lược theo hướng ngày càng đi vào thực chất, hiệu quả hơn, vì lợi ích nhân dân hai nước, vì hoà bình, hợp tác, phát triển trong khu vực và trên thế giới. Hai bên nhất trí tăng cường hơn nữa trao đổi đoàn cấp cao và các cấp; đẩy mạnh hợp tác trên các kênh, đặc biệt là kênh Đảng và Quốc hội; duy trì và phát huy hiệu quả của các cơ chế hợp tác song phương. Thủ tướng Nguyễn Xuân Phúc khẳng định, Đảng Cộng sản Việt Nam mong muốn tăng cường hơn nữa quan hệ hợp tác với Liên minh Hy vọng cầm quyền của Malaysia.
Hai Thủ tướng nhất trí sớm ký kết chương trình hành động triển khai quan hệ Đối tác Chiến lược 2020 - 2025, trong đó chú trọng tăng cường hợp tác kinh tế; làm sâu sắc hợp tác quốc phòng và an ninh; củng cố quan hệ đối tác trong các lĩnh vực chủ chốt như hợp tác biển, đổi mới sáng tạo, khoa học, giáo dục, lao động. Việt Nam và Malaysia nhất trí sớm thiết lập và triển khai các cơ chế quốc phòng song phương, trong đó có Ủy ban Cấp cao về hợp tác quốc phòng, Tham vấn hải quân; thúc đẩy ký kết các văn kiện hợp tác như Bản ghi nhớ về hợp tác quốc phòng mới; Bản ghi nhớ về thiết lập cơ chế tuần tra chung và đường dây nóng trên biển; Hiệp định chuyển giao người bị kết án tù; Hiệp định phòng, chống mua bán người; Bản ghi nhớ về hợp tác pháp luật.
Thủ tướng Nguyễn Xuân Phúc và Thủ tướng Mahathir chung nhận định, hợp tác kinh tế, thương mại, đầu tư luôn là điểm sáng trong quan hệ hai nước; kim ngạch thương mại giữa hai nước năm 2018 đạt 11,5 tỷ USD (tăng hơn 13% so với năm 2017); Malaysia là nhà đầu tư lớn thứ 8 vào Việt Nam, với gần 600 dự án với tổng vốn hơn 12 tỷ USD. Tuy nhiên, hai nhà lãnh đạo cho rằng tiềm năng hai nước còn lớn, cần tiếp tục thúc đẩy, tìm ra hướng đi mới, hiệu quả, để sớm đạt mục tiêu kim ngạch thương mại 15 tỷ USD. Thủ tướng Mahathir cam kết tiếp tục tăng đầu tư vào Việt Nam trong các lĩnh vực ứng dụng công nghệ hiện đại, có giá trị gia tăng cao và thân thiện với môi trường, hỗ trợ Việt Nam xuất khẩu sang Malaysia, đặc biệt là nông, lâm, thủy sản và sản phẩm Hồi giáo Ha-la.
Hai Thủ tướng nhất trí với tư cách hai nước láng giềng thân thiết ven biển Đông, có an ninh và lợi ích gắn kết, Việt Nam và Malaysia sẽ hợp tác chặt chẽ cùng ASEAN bảo đảm hòa bình, ổn định, an ninh, an toàn và tự do hàng hải và hàng không ở biển Đông. Hai Thủ tướng chia sẻ quan ngại sâu sắc về những diễn biến gần đây ở biển Đông, nhấn mạnh tầm quan trọng của việc giải quyết tranh chấp bằng các biện pháp hòa bình, tuân thủ luật pháp quốc tế, Công ước của Liên hiệp quốc về Luật Biển 1982; tôn trọng các tiến trình ngoại giao và pháp lý; không sử dụng hoặc đe dọa sử dụng vũ lực, không quân sự hóa, thực hiện đầy đủ và nghiêm túc Tuyên bố về ứng xử của các bên ở biển Đông và phấn đấu sớm đạt được Bộ quy tắc ứng xử ở biển Đông thực chất, hiệu quả và ràng buộc pháp lý.
Sau hội đàm, hai Thủ tướng chứng kiến lễ ký kết Ý định thư về việc ký Bản ghi nhớ về Hợp tác thực thi pháp luật và tìm kiếm cứu nạn trên biển và Trao đổi thư về việc thành lập Nhóm nghị sỹ hữu nghị Việt Nam - Malaysia.
