Theo thông tin của Viện Nghiên cứu Hán Nôm đưa ra danh sách 14 quyển tìm được gồm: Ức Trai Phi Khanh thi văn tập (ST.260), Hoa Nghiêm ngoại truyện (ST.1907) và Dịch kinh đại toàn tiết yếu (ST.1450), Thụy Phương linh từ sự tích (ST.366), Phật Thánh chân kinh (ST.1301), Vạn quyển trân tàng quy tính mệnh (ST.1908), Tòng nhân khoa (ST.10202), Luận tang sự (ST.10203), Kim quyết hoá thân (ST.10204), Tử vi (ST.10207), Nhất hộ áp quái (ST.10208), Tăng quảng thư (ST.10209), Tạ thuỷ phù khoa (ST.10210), An long khoa (ST.10211).
Điều này mang lại hy vọng vẫn có thể tìm kiếm thêm các sách thất lạc ở kho ST. Tuy nhiên, cũng theo Viện, sau tổng kiểm kê và rà soát từ giữa năm 2022 đến ngày 29-32023, kho sách Hán Nôm tại đây (kho sách ký hiệu A- do người Pháp tập hợp; kho sách ký hiệu V -do người Việt Nam tập hợp trước năm 1979- thời điểm chính thức thành lập Viện và kho ST sưu tầm sau này) cho thấy tổng số sách mất/thất lạc trong 3 kho A, V, ST cụ thể là 11 + 3 + 107 = 121 sách (trong đó có 5 sách ST là bản photocopy đen trắng).
Viện này cũng cho biết đã lập nhóm chuyên gia rà soát toàn bộ 877 ký hiệu sách được xếp vào nhóm “hư hại nặng”. Các tài liệu hư hại được chia thành 3 loại: loại A: sách còn tốt hoặc bị hư hại nhưng có thể tu bổ toàn bộ có 540 quyển; loại B: sách có thể tu bổ một phần (thường là phần lớn, bởi chỉ hỏng bìa hoặc một vài trang đầu và cuối) có 227 quyển; loại C: sách hư hại nặng, chưa có giải pháp tu bổ có 110 quyển (chiếm 0,37% tổng số sách đang lưu giữ, chủ yếu là sách ST), số sách này cần sớm tổ chức giám định để có kế hoạch xử lý phù hợp.
Nguyên nhân được Viện Nghiên cứu Hán Nôm đưa ra là do có sự lẫn lộn sách trong kho ST, vì trong quá trình thực hiện nghiệp vụ bảo quản và tu bổ kéo dài nhiều năm đối với số lượng tài liệu lớn, lại ở một không gian kho nhỏ, thiếu giá để sách, khiến cho kho ST bị phân tán, các ký hiệu sách không liền mạch, không được đặt tại một khu vực cố định riêng, dẫn đến tình trạng khó kiểm soát.
Quá trình kiểm kê và bàn giao kho ST trong các năm 2005 và 2013 không đảm bảo đúng quy trình, vì không đánh dấu vào sổ đăng ký cá biệt. Người được giao quản lý chìa khoá kho sách đã thiếu chặt chẽ trong việc phân quyền đóng mở cửa kho.
Đối với tình trạng sách bị hư hại, bên cạnh nguyên nhân chủ quan là do bộ phận bảo quản không thường xuyên kiểm tra cụ thể các sách ST để kịp thời phát hiện những sách hư hại nặng để đưa tu bổ, thì nguyên nhân khách quan cũng được chỉ rõ là do các tài liệu giấy đều có sự xuống cấp, hư hại một cách tự nhiên.
Ngay từ khi nhập kho, không phải tài liệu nào cũng đã ở trong tình trạng tốt, mà phần lớn là các tài liệu giấy cũ, bị quăn mép, rách, mối mọt một phần hoặc nhiều phần. Kho bảo quản tại Viện Nghiên cứu Hán Nôm sử dụng từ đầu thập niên 1990, đến nay đã không còn đáp ứng được yêu cầu bảo quản tài liệu.
Mặc dù Viện Nghiên cứu Hán Nôm, với sự chỉ đạo và hỗ trợ từ Viện Hàn lâm, đã tích cực sửa chữa, nhưng chỉ là những sửa chữa nhỏ, nhưng không thể bù đắp được những hư hại lớn về cơ sở vật chất và sự lạc hậu về công nghệ bảo quản...
"Sự việc mất/thất lạc và hư hại tài liệu là tổn thất lớn đối với kho sách Hán Nôm nói riêng, với văn hiến cổ điển Việt Nam nói chung. Tập thể và cá nhân có liên quan phải chịu trách nhiệm trước sự việc này. Viện Nghiên cứu Hán Nôm đang tổ chức xác định trách nhiệm liên quan. Cơ quan công an đang điều tra làm rõ sự việc với các sách đã báo mất", thông báo của Viện nhấn mạnh.
Viện cũng khẳng định sẽ sớm thực hiện tổng kiểm kê toàn bộ tài liệu Hán Nôm một lần nữa để sắp xếp, chỉnh lý lại kho sách, đóng dấu kiểm kê vào từng đơn vị tài liệu; sẽ tập trung đầu tư về nhân lực và kinh phí để kiện toàn công tác bảo quản, tu bổ và số hoá, nâng cao chất lượng phục vụ độc giả, để làm tốt nhiệm vụ giữ gìn và phát huy giá trị của kho sách Hán Nôm.