Sau khi hoàn thành việc lắp máy cho con tàu, ngày 26-3-2016, Công ty Liên Á cùng Công ty Bảo Duy thử máy và ký biên bản nổ thử hệ thống máy thủy đồng bộ. Đến ngày 28-3-2016, ông Trần Văn Liên, đơn vị đóng tàu và đơn vị cung cấp máy cùng ký biên bản chạy thử hộp số.
Tối 29-3-2016, Công ty Bảo Duy và ông Trần Văn Liên cho tàu rời âu thuyền tiến ra vịnh Mân Quang, Đà Nẵng nhằm chuẩn bị chạy thử đường dài (không có đại diện của Công ty Liên Á) thì máy chính bị hỏng…
Tại bản án sơ thẩm ngày 30-8-2017, TAND TP Tam Kỳ (dựa vào chứng thư giám định của Vinacontrol) tuyên buộc Công ty Bảo Duy bồi thường cho ông Trần Văn Liên 2,8 tỉ đồng.
Tuy nhiên, tại bản án phúc thẩm ngày 30-1-2018, TAND tỉnh Quảng Nam (dựa trên kết luận giám định của Công ty cổ phần giám định Thái Dương - SICO) tuyên buộc Công ty Liên Á trả cho ông Trần Văn Liên hơn 1,5 tỉ đồng.
Theo Viện KSND cấp cao tại TP Đà Nẵng, dù có cơ sở khẳng định máy hỏng do lỗi chế tạo, Công ty Bảo Duy (nếu tự vận hành) và ông Trần Văn Liên (nếu đồng ý cho vận hành) cũng có một phần lỗi.
Do đó, bản án sơ thẩm buộc Công ty Bảo Duy chịu toàn bộ thiệt hại cũng không có cơ sở vì chưa làm rõ nguyên nhân hỏng máy, chưa làm rõ việc Công ty Bảo Duy cho tàu chạy có được sự đồng ý của ông Trần Văn Liên hay không.
Vì vậy, ngày 16-7, Viện KSND cấp cao tại TP Đà Nẵng đã quyết định kháng nghị đối với bản án kinh doanh thương mại phúc thẩm số 12/2018/KDTM-PT ngày 30-1-2018 của TAND tỉnh Quảng Nam. Đồng thời, đề nghị Ủy ban Thẩm phán TAND cấp cao tại TP Đà Nẵng xét xử giám đốc thẩm, hủy bản án nêu trên và bản án sơ thẩm số 77/2017/DS-ST ngày 30-8-2017 của TAND TP Tam Kỳ giao hồ sơ cho tòa án cấp sơ thẩm giải quyết lại.
Trong kháng nghị Viện KSND cấp cao tại TP Đà Nẵng cho rằng mặc dù trong hợp đồng các bên thống nhất giải quyết những vấn đề tranh chấp tại TAND TP Tam Kỳ nhưng theo luật định thì TAND TP Tam Kỳ thụ lý giải quyết tranh chấp trên là không đúng thẩm quyền.
Trước đó, ngày 6-7 ông Trần Văn Liên cũng đã bị Chi nhánh BIDV Quảng Nam kiện ra TAND TP Tam Kỳ đòi hơn 7,6 tỉ đồng tiền cho vay đóng tàu vỏ thép QNa 94679 TS do không đủ khả năng chi trả đúng hạn.