Quá trình tranh luận tại tòa, các luật sư và các bị cáo đều tỏ ra băn khoăn đối với kết quả giám định của cơ quan giám định chất lượng công trình xây dựng; chưa hài lòng với nội dung cáo trạng quy kết về các hành vi vi phạm của các bị cáo.
VKS cho rằng, dự án cao tốc Đà Nẵng - Quảng Ngãi là công trình trọng điểm quốc gia có chi phí đầu tư rất lớn với số tiền trên 34.500 tỷ đồng. Quá trình thi công và giám sát, chủ đầu tư, nhà thầu thi công và đơn vị liên quan không tuân thủ các tiêu chuẩn kỹ thuật, yêu cầu thiết kế. Thực tế đó đã dẫn đến, giai đoạn 1 dự án vừa thông xe, vận hành khai thác trong thời gian ngắn đã xuất hiện 380 điểm hư hỏng, được báo chí phản ánh. Thậm chí, có cơ quan báo chí còn có loạt bài điều tra chỉ ra nhiều tồn tại của dự án, khiến dư luận bức xúc.
Vị đại diện VKS chia sẻ tại tòa: "Năm 2018, tôi đã đi trên cao tốc Đà Nẵng - Quảng Ngãi nhiều lần và thấy rất vui khi quê hương có một tuyến đường nối các tỉnh miền Trung. Nhưng, trên cung đường này, tôi thấy rất nhiều lớp nhựa mới, sau này được xác định là các điểm vá”. Kiểm sát viên cho rằng, một chiếc áo mới chưa sử dụng đã bị rách, liên tục vá như vậy rất là buồn".
Đối với kết quả giám định, VKS điểm lại nhiều luật sư và bị cáo bày tỏ băn khoăn, chưa thống nhất và cho rằng cần phải trưng cầu một cơ quan có chuyên môn sâu để giám định. Đa số ý kiến tranh luận về việc chuyển công nghệ VTO sang Novachip khi thi công tuyến đường.
Theo VKS, căn cứ kết quả điều tra, giám định và diễn biến phiên tòa, cơ quan công tố đánh giá việc chuyển đổi này chưa đúng pháp lý và chưa đảm bảo về kỹ thuật.
"Theo quy định của Luật Xây dựng và các văn bản liên quan, các hạng mục thi công không đảm bảo chất lượng về tiêu chuẩn kỹ thuật thì không được nghiệm thu, thanh toán. Tuy nhiên, tại giai đoạn 1 có tổng chiều dài 65km của dự án, chủ đầu tư và đơn vị liên quan vẫn ký nghiệm thu, thanh toán cho các nhà thầu trên 811 tỷ đồng.
Đại diện VKS cho rằng, đây chính là thiệt hại mà các bị cáo gây ra cho Nhà nước, cũng là giá trị của các hạng mục công trình không đảm bảo chất lượng.
Trong các bị cáo, VKS cáo buộc có 2 cựu Phó Tổng Giám đốc VEC là Nguyễn Mạnh Hùng và Lê Quang Hào biết sai nhưng vẫn cố ý nghiệm thu cơ sở công trình không đảm bảo chất lượng, kỹ thuật.
Trước đó, trong diễn biến phần tranh luận tại tòa, bào chữa cho bị cáo Đỗ Ngọc Ân (cựu Phó Giám đốc Ban Quản lý dự án, Giám đốc các gói thầu số 4, 5, 6 và 7), luật sư cho rằng, quá trình tham gia dự án, bị cáo Ân chỉ ký các tài liệu để thi công, nghiệm thu trên cơ sở các quy định đã rõ ràng và đã được ký xác nhận bởi các cá nhân có trách nhiệm.
Trước đó, các cơ quan tố tụng cáo buộc bị cáo này có sai phạm trong quá trình ký các tài liệu để thi công, nghiệm thu bản vẽ thi công: Gói thầu số 4 ký 9 văn bản phê duyệt; tại gói thầu số 5 ký 10 văn bản phê duyệt; gói thầu số 6 ký 10 văn bản phê duyệt; gói thầu số 7 ký 13 văn bản phê duyệt. Hành vi của Đỗ Ngọc Ân đồng phạm với các bị cáo khác về tội “Vi phạm quy định về đầu tư công trình xây dựng gây hậu quả nghiêm trọng” và phải chịu trách nhiệm đối với số tiền hơn 146 tỷ đồng.
“Lỗi do bị cáo Ân gây nên chỉ là lỗi về kỹ thuật, chứ không phải toàn bộ thiệt hại như trên. Đề nghị HĐXX xem lại trách nhiệm dân sự cho bị cáo, không nhất thiết phải cách ly bị cáo ra khỏi xã hội một thời gian”, luật sư bào chữa cho bị cáo Ân đề nghị. Trước đó, đại diện VKS sát đề nghị phạt bị cáo Ân từ 5-6 năm tù giam.
Được tự bào chữa, bị cáo Đỗ Ngọc Ân cho biết, các bị cáo ngồi tòa đều không có hiện tượng tham nhũng, tất cả làm việc chỉ mong dự án nhanh chóng đi vào hoạt động để giảm ùn tắc quốc lộ 1 và tuyến đường miền Trung, do đó HĐXX xem xét kỹ chi tiết này.
Trong khi đó, luật sư bào chữa cho bị cáo Quản Trọng Tuấn (cựu Phó Tổng giám đốc Cienco 6, Giám đốc Ban điều hành liên danh gói thầu số 3B) kiến nghị HĐXX không truy tố trách nhiệm hình sự đối với bị cáo Tuấn và áp dụng các tình tiết giảm nhẹ cho bị cáo. Quá trình bào chữa, luật sư nêu ra nhiều nội dung về nhân thân cũng như vai trò, vị trí của bị cáo Tuấn trong quá trình thực hiện dự án. Từ đó, đề nghị HĐXX xem xét không tuyên bị cáo Quản Trọng Tuấn phải chịu trách nhiệm với số tiền hơn 17 tỷ đồng mà các cơ quan tố tụng cáo buộc. Luật sư Trịnh Minh Tân, bào chữa cho bị cáo Võ Quốc Thiều (cựu Phó Giám đốc Ban điều hành liên danh gói thầu số 3B) đề nghị các cơ quan trong phiên tòa sơ thẩm cần xem xét thêm về các tình tiết pháp lý dân sự và hình sự trong vụ án để đảm bảo quyền cho các bị cáo.