Theo đó vào tháng 6-2016, sau khi bầu cử đại biểu Quốc hội và HĐND các địa phương xong, dư luận đã nêu việc ông Trịnh Xuân Thanh đi xe tư nhân gắn biển xanh. Các cơ quan chức năng sau đó đã vào cuộc để làm rõ một số vấn đề liên quan đến ông này.
“Hồ sơ bổ nhiệm ông Trịnh Xuân Thanh do Vụ Chính quyền địa phương xử lý. Tại thời điểm tháng 6-2016, tôi không phụ trách Vụ Chính quyền địa phương. Từ 15-4-2016 cho đến nay, Thứ trưởng Trần Anh Tuấn phụ trách Vụ Chính quyền địa phương. Khi có vụ việc như trên, tôi đề xuất bộ trưởng yêu cầu Vụ Chính quyền địa phương báo cáo lại về hồ sơ đó để xem bút tích của lãnh đạo bộ phê như thế nào, đề xuất về trường hợp này ra sao. Tuy nhiên, lúc bấy giờ vụ đã báo là không tìm thấy. Tức là thời điểm phát hiện mất hồ sơ thì tôi không phụ trách” - ông Thăng cho biết.
Theo ông Thăng, khi kiểm tra vụ việc này, Ủy ban Kiểm tra Trung ương kết luận rằng, nếu cần thiết, Bộ Nội vụ mời công an vào điều tra. Hiện tại Bộ Nội vụ đang đề nghị Bộ Công an điều tra. “Tháng 7-2017, trả lời báo chí tại phiên họp báo, Thứ trưởng Bộ Nội vụ Nguyễn Trọng Thừa cũng nói rồi. Tôi cũng khẳng định hiện Bộ Nội vụ đang đề nghị Bộ Công an điều tra, trường hợp thấy có vấn đề thì phải truy tố chuyện mất hồ sơ. Vì đây là hồ sơ cán bộ, phải đảm bảo theo đúng quy định của pháp luật về văn thư lưu trữ và quy chế làm việc của bộ, của đơn vị. Tôi muốn nhắc lại điều đó vì xem trên facebook, trên báo, có nhiều người nói rằng mất hồ sơ này thì ai lợi, ai thiệt, trách nhiệm thuộc về ai. Căn cứ kết quả điều tra của Bộ Công an, nếu thấy vi phạm thì xử lý theo quy định của pháp luật, có thể truy tố, vì việc này liên quan đến nhiều người, liên quan đến cả cá nhân tôi. Quy trình điều tra theo quy định của pháp luật, khi nào có kết luận, Bộ Nội vụ sẽ công bố” - Thứ trưởng Nguyễn Duy Thăng cho hay.