Theo đại diện TAND tỉnh Hà Giang, vào cuối tháng 5-2019, TAND tỉnh Hà Giang đã thụ lý hồ sơ vụ án hình sự sơ thẩm vụ án gian lận, nâng điểm thi tại kỳ thi THPT Quốc gia năm 2018 tại tỉnh Hà Giang với 5 bị can bị truy tố về các tội danh "Lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ" và "Lợi dụng chức vụ quyền hạn gây ảnh hưởng đối với người khác để trục lợi".
Qua quá trình nghiên cứu hồ sơ vụ án, TAND tỉnh Hà Giang xét thấy cần xem xét thêm những chứng cứ quan trọng đối với vụ án mà không thể bổ sung tại phiên tòa được. Do đó, chủ tọa phiên tòa đã ra quyết định trả hồ sơ cho cơ quan tố tụng cùng cấp để yêu cầu điều tra bổ sung theo quy định tại điểm b khoản 1 Điều 277; điểm a khoản 1 Điều 280 Bộ Luật Tố tụng hình sự.
Trước đó, Viện Kiểm sát nhân dân tỉnh Hà Giang đã hoàn tất cáo trạng của vụ án chuyển sang TAND tỉnh Hà Giang để hoàn tất các thủ tục, xem xét sớm đưa 5 bị can bị truy tố trong vụ án ra xét xử.
Trong số các bị can bị truy tố, 2 bị can bị truy tố tội “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ” gồm: Vũ Trọng Lương (nguyên Phó Trưởng phòng Khảo thí và Quản lý chất lượng giáo dục, Sở GD-ĐT Hà Giang) và Nguyễn Thanh Hoài (nguyên Trưởng phòng Khảo thí và Quản lý chất lượng giáo dục); 3 bị can còn lại bị truy tố tội “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn gây ảnh hưởng đối với người khác để trục lợi” gồm: Triệu Thị Chính (nguyên Phó Giám đốc Sở GD-ĐT Hà Giang, Đại biểu HĐND tỉnh Hà Giang nhiệm kỳ 2016-2021); Phạm Văn Khuông ( nguyên Phó Giám đốc Sở GD-ĐT tỉnh Hà Giang) và Lê Thị Dung (nguyên cán bộ Phòng an ninh chính trị nội bộ, Công an tỉnh Hà Giang).
Theo cáo trạng, sau khi kết thúc kỳ thi THPT Quốc gia năm 2018, Nguyễn Thanh Hoài nói với Vũ Trọng Lương về việc cần nâng điểm cho một số “trường hợp đặc biệt”. Lương đồng ý và nói cần phải nghiên cứu thêm phần mềm quản lý kỳ thi của Bộ GD-ĐT.
Sau khi quét và chấm thử trên phầm mềm bài thi trắc nghiệm của Bộ GD-ĐT, Lương sang phòng làm việc của Hoài nói cho Hoài biết là Bộ GD-ĐT chỉ yêu cầu gửi file Excel thì có thể xử lý nâng điểm được. Đây chính là kẽ hở mà Bộ GD-ĐT đã tạo ra khiến cho hàng loạt địa phương lợi dụng để sửa điểm trong kỳ thi này.
Theo khai nhận của Hoài và Lương, có tổng số 57 người nhờ nâng điểm cho 107 thí sinh (qua trung gian và trực tiếp từ phụ huynh).
Đối với hành vi của Phạm Văn Khuông và Triệu Thị Chính, cáo trạng làm rõ, Khuông đã nhờ Hoài nâng điểm cho con trai để có thể tốt nghiệp và đạt nguyện vọng vào trường Đại học Y Thái Bình. Sau đó, Chính gọi điện cho Khuông để hỏi số báo danh của con trai Khuông. Kết quả, số báo danh 05000284 của con trai Khuông được nâng 13,3 điểm của 3 môn thi trắc nghiệm.
Đối với hành vi của Lê Thị Dung, do có mối quan hệ thân thiết, Dung đã nhờ Nguyễn Thanh Hoài nâng điểm cho 20 thí sinh, thậm chí Dung còn nhờ Hoài xem xét nâng điểm cho cả những bài thi môn Ngữ văn (không phải là môn thi trắc nghiệm).
Theo danh sách công bố kết quả chấm thẩm định của Bộ GD-ĐT tại Hà Giang, có 318 bài thi của 114 thí sinh được nâng điểm.
Về con số chênh lệch giữa 114 thí sinh với 318 bài thi (theo kết quả chấm thẩm định của Bộ) và 107 thí sinh với 309 bài thi (theo kết quả điều tra), Công an tỉnh Hà Giang khẳng định thực tế chỉ có 107 thí sinh được nâng điểm với 309 bài thi các môn. Trong đó, thí sinh được nâng cao nhất lên đến 29,95 điểm (4 môn), thí sinh được nâng ít nhất là 2,2 điểm (1 môn).