Đồng thời qua rà soát, cơ quan hải quan cũng phát hiện nhiều doanh nghiệp vi phạm quy định về lập, lưu trữ hồ sơ, chứng từ, sổ sách, không ký hợp đồng đại lý với chủ hàng.
Từ đó, cơ quan hải quan đề xuất xây dựng phần mềm quản lý tập trung đại lý làm thủ tục hải quan với các tính năng để cập nhật, tra cứu, báo cáo thống kê thông tin về đại lý làm thủ tục hải quan, nhân viên đại lý làm thủ tục hải quan. Như vậy, cơ quan hải quan có thể tiếp nhận, theo dõi, báo cáo tình hình hoạt động đại lý làm thủ tục hải quan; tiếp nhận thông báo của chủ hàng danh sách đại lý làm thủ tục hải quan được thay mặt chủ hàng khai và làm thủ tục hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu.
Theo số liệu thống kê của ngành hải quan, hiện cả nước hiện có 1.016 đại lý với khoảng 1.700 nhân viên làm thủ tục hải quan.