Theo xác minh của Bộ GTVT, nội dung tố cáo VEC chỉ định nhà đầu tư các trạm dừng nghỉ trái luật là có cơ sở. Cụ thể, Chủ tịch HĐTV VEC đã ký hợp đồng với các nhà đầu tư xây dựng các trạm dừng nghỉ trên các tuyến Cầu Giẽ - Ninh Bình, Nội Bài - Lào Cai, TPHCM - Long Thành - Dầu Giây không thông qua đấu thầu là chưa đúng quy định của Luật Đấu thầu số 43/2013, Nghị định 85/2009 và quy định của Luật Đầu tư. Trách nhiệm chính để xảy ra sai sót thuộc về chủ tịch HĐTV, thành viên HĐTV, cá nhân, tổ chức tham mưu trong việc ký nghị quyết và ký hợp đồng.
Bộ GTVT đã kiến nghị Ủy ban Quản lý vốn nhà nước tại doanh nghiệp xử lý trách nhiệm đối với các cá nhân, đơn vị liên quan.
Trả lời về kết luận này, đại diện VEC cho biết, việc chỉ định thầu các trạm dừng nghỉ nêu trên diễn ra trong giai đoạn 2014 - 2015. Thời điểm đó, người đại diện pháp luật, ký ban hành nghị quyết và hợp đồng giữa VEC với các nhà đầu tư là ông Trần Quốc Việt - Chủ tịch HĐTV, đã nghỉ chế độ từ ngày 1-6-2017.