Nhiều quốc gia đã chuyển sang áp dụng biện pháp khấu trừ thuế để xử lý vấn đề tránh đánh thuế hai lần. Cụ thể, các nhà đầu tư nước ngoài khi đầu tư vào Việt Nam và đã nộp thuế thu nhập DN tại Việt Nam thì không được miễn thuế thu nhập DN tại nước cư trú, chỉ được khấu trừ số thuế thu nhập DN đã nộp tại Việt Nam vào số thuế thu nhập DN mà nhà đầu tư phải nộp tại nước cư trú. Nếu Việt Nam ưu đãi thuế cho nhà đầu tư nước ngoài thì họ cũng không được hưởng lợi, vì số thuế thu nhập DN phải nộp cho nước cư trú sẽ tăng lên tương ứng. Như vậy, dù chúng ta “hy sinh” số thu nhưng nhà đầu tư nước ngoài vẫn không được lợi gì, nên không thu hút được họ.
Trong khi đó, một việc làm mà nhà đầu tư mong chờ nhất, nhà nước lại không thất thu, đó là cải cách hành chính, giảm nhũng nhiễu, thì đến nay vẫn chưa được làm tốt. Các nhà đầu tư than phiền về tình trạng các sở ngành quản lý chồng chéo, gây khó dễ, kéo dài thời gian trong quá trình đầu tư. Nói như một DN Nhật Bản, “chúng tôi không cần ưu đãi bằng tiền, mà cần môi trường đầu tư lành mạnh, văn minh”.
Hiện nay, khó khăn nhất chính là hoạt động thu hồi đất chậm tiến độ khiến nhiều dự án FDI có vốn đầu tư nhưng không thể triển khai, giải ngân vốn được. Trong khi chính quyền địa phương hầu như chưa có một quy trình giám sát đầu tư FDI hiệu quả, phân cấp trách nhiệm rõ ràng giữa các sở ngành, để giám sát, tháo gỡ khó khăn cho nhà đầu tư...
Khi ưu đãi thuế trở nên lạc hậu, nhà nước nên mở rộng các chính sách khác hữu hiệu hơn để thu hút đầu tư. Bên cạnh cải cách hành chính, cần đổi mới cơ chế, chính sách ưu đãi, thu hút đầu tư hiệu quả hơn. Chẳng hạn, ưu đãi về đất, quyền thuê đất cho các dự án FDI sử dụng công nghệ tiên tiến so với các nước trong khu vực, hạn chế các dự án sử dụng công nghệ cũ, tiêu tốn năng lượng, sử dụng nhiều tài nguyên, gây ô nhiễm môi trường… Không nên ưu đãi theo ngành nghề, lĩnh vực chung chung mà cần chỉ rõ những sản phẩm, công nghệ, thế hệ của từng ngành, nghề được ưu đãi để thu hút đầu tư. Không xem xét mở rộng, gia hạn hoạt động đối với những dự án sử dụng công nghệ lạc hậu, ô nhiễm môi trường, lãng phí tài nguyên. Các địa phương cần bắt tay thống nhất phương thức ưu đãi đầu tư để hạn chế việc cạnh tranh nhau bằng cách tiêu xài vào tài nguyên của đất nước như lâu nay.