Trong vụ án này, Bộ GTVT có 4 bị can bị đề nghị truy tố tội “Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát, lãng phí” gồm: Đinh La Thăng (sinh năm 1960, cựu Bộ trưởng Bộ GTVT); Nguyễn Hồng Trường (sinh năm 1957, nguyên Thứ trưởng Bộ GTVT); Nguyễn Chí Thành (sinh năm 1966, nguyên quyền Vụ trưởng Vụ Tài chính, Bộ GTVT); Lê Trung Cường (Vụ Tài chính, Bộ GTVT).
Tổng công ty Đầu tư phát triển và Quản lý dự án hạ tầng giao thông Cửu Long có 3 bị can bị đề nghị truy tố tội ““Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát, lãng phí”. Và các đơn vị liên quan khác.
Theo kết luận điều tra, hành vi phạm tội của các bị can liên quan đến việc mua, bán quyền thu phí cao tốc TPHCM – Trung Lương (giai đoạn 1), trong đó có nội dung vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát lãng phí trong quá trình lập, hoàn thiện Đề án; Tổ chức bán đấu giá; quản lý hợp đồng bán quyền thu phí đường cao tốc TPHCM - Trung Lương gây thất thoát 725,3 tỷ đồng.
Dự án đường cao tốc TPHCM- Trung Lương được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt năm 2004, giao Bộ GTVT làm chủ đầu tư, Tổng Công ty Cửu Long đại diện chủ đầu tư, trực tiếp quản lý dự án, nguồn vốn.
Cuối năm 2011, bị can Đinh La Thăng (sau 3 tháng nhận chức Bộ trưởng Bộ GTVT) có văn bản kiến nghị gửi Thủ tướng Chính phủ, nội dung tiếp nhận quyền thu phí, tìm đối tác trong và ngoài nước để đàm phán chuyển giao quyền thu phí đường cao tốc TPHCM - Trung Lương.
Sau đó, Thứ trưởng Bộ GTVT Nguyễn Hồng Trường ký văn bản gửi Bộ Tài chính, trong đó có nội dung xác định giá khởi điểm Bộ GTVT xây dựng là 1.949,5 tỷ đồng không bao gồm 10% thuế. Văn bản cũng đưa ra quy định về Hội đồng bán đấu giá, quy chế bán đấu giá.
Đầu tháng 10-2013, Dương Tuấn Minh (Tổng Giám đốc Tổng Công ty Cửu Long) có tờ trình gửi Bộ GTVT đề xuất phê duyệt Đề án đấu giá bán quyền thu thí Dự án cao tốc TPHCM - Trung Lương trong đó đề cập tới thời hạn thu phí, quy định, thời hạn, tiến độ thanh toán, với giá khởi điểm là 2.004 tỷ đồng, hình thức đấu giá công khai. Sau đó, Hội đồng bán đấu giá do Nguyễn Hồng Trường làm Chủ tịch.
Quá trình tổ chức bán đấu giá chỉ có 2 đơn vị nộp hồ sơ đăng ký tham gia đấu giá là công ty Yên Khánh và công ty Khánh An của Đinh Ngọc Hệ (tức Út "trọc"). Mặc dù quá trình bán đấu giá, thẩm định đánh giá hồ sơ tham gia đấu giá không đúng quy định, đến phút cuối chỉ có Công ty Yên Khánh tham gia đấu giá với giá trúng thầu là hơn 2.000 tỷ đồng nhưng vẫn được phê duyệt kết quả đấu giá. Sau khi trúng đấu giá, Công ty Yên Khánh không nộp tiền đúng thời hạn, mà đưa ra rất nhiều lý do để kéo dài.
Tổng Công ty Cửu Long sau đó có văn bản cáo cáo Bộ GTVT, Bộ GTVT cũng có văn bản chỉ đạo, nhưng không đề nghị chấm dứt hợp đồng trước thời hạn.
Hành vi vi phạm của Út "trọc" được cơ quan điều tra làm rõ, sau khi ký được hợp đồng thu phí, Út "trọc" đã dùng chính hợp đồng đó và những tài sản của bên thứ ba để thế chấp tại BIDV Chi nhánh Thành Đô vay hơn 1.700 tỷ đồng.
Quá trình tổ chức thu phí, Út "trọc" đã mua, sử dụng phần mềm của Công ty Xuân Phi để can thiệp, điều chỉnh doanh thu thu phí, chiếm đoạt số tiền 725,3 tỷ đồng.
Kết luận điều tra xác định, ông Đinh La Thăng nắm rõ các quy định pháp luật về quản lý tài sản Nhà nước và chuyển giao quyền thu phí, nhận thức rõ đây là tài sản đặc thù có giá trị đặc biệt lớn, cần tìm kiếm đối tác có năng lực tài chính để tối ưu hóa việc bán quyền thu phí. Ông đã chỉ đạo để cho công ty của Út "trọc", là công ty đang kinh doanh thua lỗ, không có năng lực tài chính mua quyền thu phí.
Quá trình thực hiện, ông Đinh La Thăng biết toàn bộ hoạt động triển khai đề án, kết quả bán đấu giá được thực hiện không đúng quy định pháp luật để cho Công ty Yên Khánh của Út "trọc" trúng đấu giá.
Bản thân ông Thăng cũng biết Công ty Yên Khánh kéo dài, không thanh toán tiền đấu giá đúng thời hạn phải chấm dứt hợp đồng trước thời hạn và chuyển giao quyền thu phí lại cho Nhà nước.
Nhưng ông Đinh La Thăng không những không chỉ đạo chấm dứt trước hạn hợp đồng mà còn yêu cầu Dương Tuấn Minh để doanh nghiệp của Út "trọc" được trả từ từ.
Trong khi đó, bị can Nguyễn Hồng Trường (cựu Chủ tịch Hội đồng bán đấu giá quyền thu phí tuyến đường cao tốc TPHCM - Trung Lương) biết doanh nghiệp của Út "trọc" không thanh toán đúng hạn như cam kết trong hợp đồng mua bán quyền thu phí cao tốc, ông Trường đã ký 9 văn bản, chủ trì 1 cuộc họp chỉ đạo Tổng công ty Cửu Long tiếp tục đôn đốc Công ty Yên Khánh trả tiền mà không chỉ đạo đình chỉ giao quyền thu phí, chấm dứt hợp đồng là trái với các quy định.
Cơ quan điều tra xác định, hành vi của bị can Nguyễn Hồng Trường vi phạm nhiều quy định pháp luật gây thiệt hại tài sản cho Nhà nước.
Hành vi của bị can Trường đã cấu thành tội “Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát, lãng phí”.
Quá trình điều tra, bị can Trường đã thành khẩn khai nhận hành vi phạm tội, hợp tác với cơ quan điều tra. Quá trình công tác có nhiều thành tích được tặng thưởng nhiều huân, huy chương, bằng khen, gia đình có công với cách mạng
