Tại phiên tòa, các bị cáo khai nhận các tình tiết khách quan của vụ án, phù hợp với các tài liệu, chứng cứ trong hồ sơ vụ án.
Theo đó, từ năm 2014 đến khi bị bắt, các bị cáo Phạm Chí Dũng, Nguyễn Tường Thụy, Lê Hữu Minh Tuấn thường xuyên tiếp xúc với các đối tượng bất mãn về chính trị trong và ngoài nước, có tư tưởng bất mãn với chính quyền.
Ngày 4-7-2014, Phạm Chí Dũng cùng Nguyễn Tường Thụy và 39 người khác ra tuyên bố thành lập cái gọi là “Hội nhà báo độc lập Việt Nam”, bầu Ban lãnh đạo “Hội nhà báo độc lập Việt Nam” gồm 5 thành viên. Nội dung “Tuyên bố thành lập Hội nhà báo độc lập Việt Nam” nêu rõ mục đích hoạt động của hội là "đấu tranh làm thay đổi thể chế chính trị Việt Nam hiện nay". Đến năm 2018, theo danh sách do Phạm Chí Dũng lập, có 72 người tham gia “Hội nhà báo độc lập Việt Nam”.
Sau khi thành lập, bị cáo Phạm Chí Dũng với vai trò “Chủ tịch” đã chỉ đạo tạo lập trang web “Việt Nam Thời Báo”, quản trị, nhận và duyệt đăng thông tin bài viết của mình, của hội viên, của các cộng tác viên có nội dung chống phá Nhà nước Việt Nam và tuyên truyền về hoạt động của “Hội nhà báo độc lập Việt Nam”; qua đó lôi kéo, phát triển hội viên trong và ngoài nước vào hoạt động chống phá Nhà nước Việt Nam.
Phạm Chí Dũng sử dụng nhiều bút danh khác nhau để viết, đăng tải nhiều tin, bài trên trang “Việt Nam Thời Báo” của “Hội nhà báo độc lập Việt Nam” có nội dung tuyên truyền, xuyên tạc phỉ báng chính quyền nhân dân, bịa đặt, xâm phạm uy tín của Đảng Cộng sản Việt Nam nhằm chống Nhà nước CHXHCN Việt Nam.
Ngoài ra, bị cáo Dũng còn làm cộng tác viên, phóng viên, gửi bài viết và trả lời phỏng vấn cho các báo đài, thông tấn, trang tin điện tử nước ngoài với mục đích đấu tranh làm thay đổi thể chế chính trị Việt Nam hiện nay.
Bị cáo Nguyễn Tường Thụy là “Phó Chủ tịch” của “Hội nhà báo độc lập Việt Nam”, phụ trách “Chi hội miền Bắc”. Bị cáo Lê Hữu Minh Tuấn là thành viên của “Hội nhà báo độc lập Việt Nam”. Hai bị cáo đã sử dụng nhiều bút danh để đăng tải nhiều bài viết có nội dung xuyên tạc chủ trương, đường lối chính sách của Đảng và Nhà nước, vi phạm pháp luật.
Theo nhận định của hội đồng xét xử, hành vi của các bị cáo đặc biệt nguy hiểm cho xã hội, trực tiếp xâm hại đến an ninh quốc gia, trật tự an toàn xã hội. Hành vi của các bị cáo đã tiếp tay cho các phần tử bất mãn, cơ hội chính trị, hòng làm xói mòn lòng tin của nhân dân đối với Đảng, Nhà nước, gây hoang mang trong dư luận quần chúng, nhằm gây chia rẽ mối đoàn kết trong nội bộ Đảng và Nhà nước. Vì vậy cần phải xử lý nghiêm mới có tác dụng giáo dục, răn đe phòng ngừa chung. Tuy nhiên, hội đồng xét xử cũng xem xét các tình tiết giảm nhẹ: các bị các phạm tội lần đầu, bị cáo Thụy cho đến khi bị xét xử đã trên 70 tuổi, cha của bị cáo Dũng có công với cách mạng.
Từ đó, hội đồng xét xử tuyên phạt bị cáo Phạm Chí Dũng 15 năm tù, bị cáo Nguyễn Tường Thụy 11 năm tù và bị cáo Lê Hữu Minh Tuấn 11 năm tù cùng về tội “Làm, tàng trữ, phát tán hoặc tuyên truyền thông tin, tài liệu, vật phẩm nhằm chống Nhà nước CHXHCN Việt Nam”. Mỗi bị cáo bị phạt quản chế tại nơi cư trú trong thời hạn 3 năm kể từ khi chấp hành xong hình phạt tù.
Ngoài ra, các bị cáo cũng bị tuyên phải nộp lại khoản tiền thu lợi bất chính từ hành vi phạm tội. Cụ thể, bị cáo Dũng nộp lại hơn 482 triệu đồng, 75.886 USD, 1.113 Bảng Anh; bị cáo Thụy nộp lại 180 triệu đồng; bị cáo Tuấn nộp lại 423 triệu đồng.