Đơn vị được mời tham gia là công ty, tổ chức tư vấn thiết kế kiến trúc có đủ điều kiện năng lực và có uy tín về chuyên ngành kiến trúc, có kinh nghiệm thực tế, đã từng tham gia thiết kế các công trình có tính chất tương tự.
Ban tổ chức sẽ chọn và mời đơn vị tư vấn thiết kế 3 phương án (mỗi phương án sẽ do một kiến trúc sư chủ trì thiết kế) để hội đồng tuyển chọn đánh giá, lựa chọn phương án tối ưu nhất. Sở Khoa học và Công nghệ cho biết, hội đồng tuyển chọn gồm 15 người, trong đó có ít nhất 2/3 số thành viên là kiến trúc sư có kinh nghiệm. Trung tâm sẽ được xây dựng theo mô hình hợp tác công - tư. Nhà nước chịu trách nhiệm về đất đai, xây dựng tòa nhà và các khu vực dành cho hoạt động chung, hỗ trợ chính sách như các gói huấn luyện đào tạo, tổ chức sự kiện, ươm tạo và các cuộc thi khởi nghiệp... Các doanh nghiệp tư nhân, startup sẽ đầu tư thiết bị, tự thiết kế, trang bị, vận hành các không gian riêng phù hợp với nhu cầu.
Việc xây dựng trung tâm là một điểm nhấn thể hiện quyết tâm của UBND TPHCM nhằm hoàn chỉnh hệ sinh thái khởi nghiệp, tạo lập môi trường khởi nghiệp thuận lợi để thúc đẩy, hỗ trợ quá trình hình thành và phát triển các doanh nghiệp khởi nghiệp sáng tạo trên địa bàn thành phố. Đây cũng là xu thế chung của các nước trên thế giới, nhiều quốc gia đã và đang tổ chức mô hình này rất thành công như Đức, Mỹ, Nhật Bản, Israel, Hàn Quốc, Singapore… Trung tâm sẽ là đầu mối hợp tác quốc tế về đổi mới sáng tạo của TPHCM và thế giới.