Đối tượng chịu phí bảo vệ môi trường theo quy định nghị định này là nước thải công nghiệp thải vào nguồn tiếp nhận nước thải theo quy định pháp luật bao gồm: nước thải từ các nhà máy, cơ sở sản xuất, chế biến của tổ chức, cá nhân; nước thải từ khu công nghiệp, cụm công nghiệp, khu chế xuất và nước thải sinh hoạt từ hoạt động của hộ gia đình, cá nhân, cơ quan nhà nước, đơn vị sự nghiệp...
Mức phí bảo vệ môi trường đối với nước thải sinh hoạt là 10% trên giá bán của 1m3 nước sạch chưa bao gồm thuế giá trị gia tăng. Trường hợp cần áp dụng mức phí cao hơn, HĐND tỉnh thành trực thuộc Trung ương quyết định mức phí cụ thể đối với từng đối tượng chịu phí.
Về mức phí bảo vệ môi trường đối với nước thải công nghiệp, nghị định quy định cơ sở có tổng lượng nước thải trung bình trong năm dưới 20m3/ngày áp dụng phí cố định tính theo khối lượng nước thải (không áp dụng mức phí biến đổi).
Năm 2020, áp dụng mức phí 1,5 triệu đồng/năm. Kể từ ngày 1-1-2021 trở đi, áp dụng theo biểu mới. Cụ thể, từ 10 đến dưới 20m3/ngày mức phí phải đóng là 4 triệu đồng/năm; từ 5 đến dưới 10m3/ngày mức phí phải đóng là 3 triệu đồng/năm và dưới 5m3/ngày là 2,5 triệu đồng/năm. Nếu cơ sở sản xuất, chế biến có tổng lượng nước thải trung bình trong năm cao hơn 20m3/ngày thì tính theo công thức: F=f+C (trong đó, f là mức phí cố định từ 1-1-2021 là 4 triệu đồng/năm; C là phí biến đổi tính theo: tổng lượng nước thải ra, hàm lượng thông số ô nhiễm của từng chất có trong nước thải).
Ngoài các đối tượng phải đóng phí nước thải, nghị định cũng quy định 7 trường hợp được miễn phí bảo vệ môi trường đối với nước thải gồm: Nước xả ra từ các nhà máy thủy điện; nước biển dùng vào sản xuất muối xả ra; nước thải sinh hoạt của tổ chức, hộ gia đình, cá nhân ở các xã; tổ chức, hộ gia đình, cá nhân ở các phường, thị trấn chưa có hệ thống cấp nước sạch, hộ gia đình, cá nhân không kinh doanh ở các phường, thị trấn đã có hệ thống cấp nước sạch tự khai thác nước sử dụng; nước làm mát (theo quy định pháp luật về bảo vệ môi trường) không trực tiếp tiếp xúc với các chất gây ô nhiễm, có đường thoát riêng; nước thải từ nước mưa tự nhiên chảy tràn; nước thải từ các phương tiện đánh bắt thủy sản của ngư dân và nước thải của các hệ thống xử lý nước thải tập trung khu đô thị (theo quy định tại Nghị định số 80/2014/NĐ-CP ngày 6-8-2014 của Chính phủ về thoát nước và xử lý nước thải) đã xử lý đạt tiêu chuẩn, quy chuẩn kỹ thuật về môi trường theo quy định trước khi thải vào nguồn tiếp nhận.
