Theo nội dung truy tố, lợi dụng chủ trương của UBND TP Đà Nẵng trong việc tạo điều kiện bán nhà, đất công sản cho các đơn vị sự nghiệp công lập trên địa bàn, Trương Duy Nhất đã ký 4 văn bản gửi UBND TP Đà Nẵng đề nghị được mua một căn nhà tại khu vực trung tâm thành phố theo diện công sản, không tính hệ số sinh lợi để Báo Đại Đoàn Kết làm trụ sở văn phòng đại diện. UBND TP Đà Nẵng đã ra quyết định bán nhà, đất công sản số 82 Trần Quốc Toản, quận Hải Châu cho Văn phòng đại diện Báo Đại Đoàn Kết. Sau đó, Trương Duy Nhất cho doanh nghiệp của Phan Văn Anh Vũ (tức Vũ “nhôm”) thay Báo Đại Đoàn Kết nộp tiền vào ngân sách nhà nước và ký hợp đồng nguyên tắc. Theo nội dung hợp đồng, sẽ sang tên nhà, đất trên cho doanh nghiệp của Vũ “nhôm” bằng giá mua của Nhà nước.
Cơ quan tố tụng nhận định, hành vi phạm tội của Trương Duy Nhất đã gây thiệt hại cho ngân sách nhà nước hơn 13 tỷ đồng. Viện Kiểm sát nhân dân tối cao quyết định truy tố ra trước Tòa án nhân dân TP Hà Nội để xét xử Trương Duy Nhất; đồng thời, phân công Viện Kiểm sát nhân dân TP Hà Nội thực hành quyền công tố và kiểm sát xét xử sơ thẩm. Trong vụ án này, ông Lê Quang Trang, cựu Tổng Biên tập và ông Bùi Thượng Toản, cựu Phó tổng Biên tập Báo Đại Đoàn Kết đã có dấu hiệu phạm tội “Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng”. Do hành vi của 2 ông đã hết thời hiệu truy cứu trách nhiệm hình sự, nên cơ quan điều tra không xem xét trách nhiệm hình sự.
