Cơ quan công tố còn truy tố 3 cấp dưới của cựu Trưởng Công an quận Tây Hồ về hành vi Tha trái pháp luật người bị bắt, người đang bị tạm giữ, tạm giam, người đang chấp hành án phạt tù, gồm: Nguyễn Đức Châu, Vũ Công Ngọc, Lê Đình Trung.
Theo cáo trạng, tháng 9-2016, Nguyễn Hữu Tài đầu thú về hành vi cùng đồng phạm bắt, đánh một người nợ tiền mình. Tài bị ra lệnh tạm giữ 4 ngày nhưng người thân của Tài lo sợ nên tìm gặp ông Phùng Văn Bảy (chú họ của bị can Phùng Anh Lê) nhờ "giúp đỡ".
Ông Phùng Văn Bảy đặt vấn đề và được bị can Phùng Anh Lê đồng ý thả Tài với điều kiện đưa mình 110 triệu đồng. Tối 22-9-2016, ông Bảy tới phòng làm việc của bị can Lê giao tiền và nói: "Cháu xem giúp hòa giải cho nó về".
Sau khi nhận tiền, bị can Phùng Anh Lê chỉ đạo Nguyễn Đức Châu, cựu Đội trưởng hình sự; chỉ đạo Lê Đình Trung, cựu Phó đội thi hành án hình sự giao Nguyễn Hữu Tài cho Vũ Công Ngọc, Phó đội hình sự. Sau đó, Nguyễn Hữu Tài được thả sau chưa đầy một ngày bị tạm giữ.
Năm 2021, Công an TP Hà Nội phát hiện hành vi phạm tội của Nguyễn Hữu Tài chưa bị xử lý nên đã khởi tố, Tài sau đó bị tòa án phạt 24 tháng tù. Sau vụ việc, Đại tá Phùng Anh Lê cũng bị khởi tố.
Cũng theo cáo trạng, trong vụ án, Viện kiểm sát đánh giá bị can Lê khi là Trưởng Công an quận, Thủ trưởng Cơ quan điều tra Công an quận Tây Hồ nên biết rõ Nguyễn Hữu Tài đang bị tạm giữ để phục vụ cho việc kiểm tra xác minh thông tin tội phạm. Tuy nhiên, khi được nhờ, bị can Lê đã lợi dụng chức vụ quyền hạn để vi phạm pháp luật.
Bị can Phùng Anh Lê trong quá trình điều tra đã không thành khẩn khai báo, ngoan cố chối tội, đổ lỗi cho cấp dưới, không thừa nhận việc chiếm hưởng 110 triệu đồng.
Trong khi đó, các bị can Nguyễn Đức Châu, Vũ Công Ngọc, Lê Đình Trung biết chỉ đạo của Phùng Anh Lê là trái pháp luật nhưng đã chấp hành, thực hiện việc tha trái pháp luật Nguyễn Hữu Tài.