Liên quan vụ án này, Viện Kiểm sát nhân dân tối cao truy tố bị can Đỗ Thắng Hải (cựu Thứ trưởng Bộ Công thương) về tội "Nhận hối lộ". Cùng bị truy tố tội danh như ông Hải, còn có bị can Lê Đức Thọ (cựu Bí thư Tỉnh ủy Bến Tre), bị can Lê Duy Minh (cựu Giám đốc Sở Tài chính TPHCM, cựu Cục trưởng Cục Thuế TPHCM).
Bên cạnh đó, bị can Lê Đức Thọ còn bị truy tố thêm tội "Lợi dụng chức vụ, quyền hạn gây ảnh hưởng đối với người khác để trục lợi".
Trong vụ án, Giám đốc kiêm Chủ tịch HĐTV Công ty Xuyên Việt Oil Mai Thị Hồng Hạnh bị truy tố tội "Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản nhà nước gây thất thoát, lãng phí" và "Đưa hối lộ". Cùng với đó, cơ quan công tố còn truy tố 11 bị can khác về nhiều tội danh khác nhau.
Theo cáo trạng, tháng 8-2023, Cơ quan An ninh điều tra nhận được đơn tố giác tội phạm của một nhân viên Công ty Xuyên Việt Oil, tố giác bị can Hạnh đã sử dụng nhiều thủ đoạn gian dối để lừa đảo chiếm đoạt tài sản, sử dụng trái phép tài sản của cơ quan, tổ chức, Nhà nước và lạm dụng chức vụ, quyền hạn chiếm đoạt hơn 200 tỷ đồng Quỹ Bình ổn giá xăng dầu và hơn 1.200 tỷ đồng thuế bảo vệ môi trường.
Ngày 24-8-2023, Cơ quan An ninh điều tra Bộ Công an đã ra quyết định phân công giải quyết nguồn tin về tội phạm đối với đơn tố giác trên. Đến ngày 8-9-2023, Cơ quan An ninh điều tra Bộ Công an khởi tố vụ án hình sự, đồng thời khởi tố bị can, bắt tạm giam Mai Thị Hồng Hạnh và Nguyễn Thị Như Phương (Phó Giám đốc Công ty Xuyên Việt Oil) về tội "Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản nhà nước gây thất thoát, lãng phí".
