Cùng với bản cáo trạng truy tố, cơ quan công tố đã chuyển hồ sơ sang Tòa án nhân dân TP Hà Nội để nghiên cứu, đưa vụ án sớm ra xét xử. Trong đó, 3 bị can gồm: Nguyễn Đình Trung (sinh năm 1977, cựu giám đốc trung tâm), Bùi Thị Mỹ Hạnh (sinh năm 1980, phó giám đốc trung tâm), Trần Đức Hòa (sinh năm 1971, phó giám đốc trung tâm) bị truy tố về tội “Lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ”. Bị can Võ Xuân Hải (sinh năm 1979, trú tại phường Nguyễn Trãi, quận Hà Đông, Hà Nội) bị truy tố về tội “Mua bán trái phép hóa đơn”.
Theo cáo trạng, trung tâm là đơn vị sự nghiệp có tư cách pháp nhân, con dấu và tài khoản riêng. Hằng năm, trung tâm được nhà nước giao dự toán ngân sách để thực hiện chức năng được giao.
Mặc dù biết rõ dự toán đã được UBND TP Hà Nội duyệt và giao và trung tâm chỉ được chi cho các chương trình hoạt động theo chức năng (như hỗ trợ hướng nghiệp, đào tạo việc làm và các dịch vụ khác) nhưng để có khoản tiền phục vụ chi cho hoạt động chung (ngoài kinh phí chi thường xuyên), Nguyễn Đình Trung cùng Bùi Thị Mỹ Hạnh, Trần Đức Hòa đã thống nhất và chỉ đạo các phòng, ban: Khi tổ chức các chương trình thì hạn chế chi phí nhưng nâng khống giá trị hàng hóa, dịch vụ khi lập hồ sơ, chứng từ quyết toán; mua hóa đơn, chứng từ ghi khống nội dung để quyết toán bằng với số tiền mà dự toán đã được phê duyệt.
Theo cáo trạng, từ tháng 10-2020 đến tháng 6-2022, quá trình tổ chức 23 chương trình, trung tâm đã nâng khống, lập khống hồ sơ để thanh toán tiền ngân sách nhà nước hơn 480 triệu đồng. Cơ quan điều tra xác định, từ năm 2020 đến năm 2022, bị can Võ Xuân Hải (chủ hộ kinh doanh Võ Xuân Hải) không cung cấp bất kỳ hàng hóa, dịch vụ nào cho trung tâm nhưng đã đồng ý xuất 15 hóa đơn ghi khống hàng hóa, dịch vụ cho trung tâm với tổng giá trị trên 400 triệu đồng để hưởng lợi cá nhân gần 50 triệu đồng.
