Theo cáo trạng, ngày 4-9-2019, Phương (thời điểm đó là cán bộ điều tra Cơ quan CSĐT Công an quận 9, nay là TP Thủ Đức) được phân công cùng đồng nghiệp xác minh nguồn tin về tội phạm liên quan Đào Anh Tuấn có hành vi “Làm giả con dấu, tài liệu của cơ quan, tổ chức” xảy ra tại phường Phú Hữu, quận 9 do Cơ quan CSĐT Công an quận 3 chuyển đến.
Đầu tháng 11-2019, Công an quận 9 đã ra quyết định khởi tố vụ án, khởi tố bị can và lệnh bắt bị can để tạm giam Đào Anh Tuấn về tội trên. Công an có công văn đề nghị Viện KSND quận 9 phê chuẩn các quyết định trên.
Phương lại không chuyển hồ sơ qua Viện KSND quận 9 mà cất hồ sơ. Sau khi xác minh Tuấn không có mặt tại nơi cư trú thì Công an quận 9 đã tạm đình chỉ điều tra vụ án, tạm đình chỉ điều tra bị can và quyết định truy nã bị can đối với Tuấn.
Các quyết định này cũng không được Phương chuyển đến Viện KSND quận 9 để kiểm sát theo quy định. Bên cạnh đó, quyết định truy nã bị can Tuấn, Phương không vào sổ đăng ký lệnh, quyết định của Công an quận 9 để lấy số, đóng dấu, mà cho vào hồ sơ vụ án rồi cất vào tủ cá nhân.
Tháng 1-2021, khi có thông tin Tuấn đang lẩn trốn tại tỉnh Ninh Thuận, cán bộ tổ truy nã Đội Cảnh sát hình sự Công an quận 9 yêu cầu Đoàn Thanh Phương cung cấp quyết định truy nã để đi bắt Tuấn. Để quyết định truy nã phù hợp với thời gian đăng ký, Phương cắt và dán chữ ký của ông Quách Thắng, Phó thủ trưởng Cơ quan CSĐT Công an quận 9 làm giả quyết định truy nã.
Khi bắt được Tuấn, Phương tiếp tục thực hiện các thủ tục tố tụng tạm giam, ra quyết định phục hồi điều tra vụ án, phục hồi điều tra bị can và công văn đề nghị Viện KSND TP Thủ Đức phê chuẩn lệnh tạm giam Tuấn. Tuy nhiên, Phương phát hiện các quyết định tố tụng trước đó chưa được Viện KSND TP Thủ Đức phê chuẩn nên Phương hợp thức hóa hồ sơ và che dấu việc vi phạm bằng cách lấy các quyết định phê chuẩn quyết định khởi tố của một bị can khác, rồi cạo xóa, tẩy sửa nội dung thành nội dung của Tuấn.
Phương tiếp tục tẩy xóa, làm giả các quyết định phê chuẩn lệnh tạm giam, làm giả quyết định gia hạn tạm giam của Viện KSND TP Thủ Đức đối với Đào Anh Tuấn.
Qua công tác quản lý hồ sơ tạm giam, cán bộ quản lý hồ sơ Nhà tạm giữ phát hiện hồ sơ của bị can Tuấn có 2 quyết định gia hạn tạm giam của Viện KSND TP Thủ Đức bị sai nội dung tội danh nên báo Phương bổ sung.
Ngày 7-9-2021, Phương xin rút 2 quyết định liên quan để tiêu hủy, nhưng lại không cung cấp quyết định điều chỉnh bổ sung nên cán bộ quản lý hồ sơ tạm giam Nhà tạm giữ đã liên hệ Viện KSND TP Thủ Đức đề nghị cấp. Qua đó, Viện KSND TPThủ Đức phát hiện không hề thụ lý kiểm sát điều tra vụ án Tuấn.
Ngày 19-9-2021, Viện KSND TP Thủ Đức ra quyết định trả tự do cho người bị tạm giam là Tuấn do tạm giam không có căn cứ và trái pháp luật.
Ngày 20-9-2021, Cơ quan CSĐT Công an TP HCM ra quyết định khởi tố vụ án, khởi tố bị can và lệnh bắt bị can Đào Thanh Phương.
Cũng theo kết luận điều tra, động cơ của việc Phương giả mạo 7 văn bản tố tụng là do khi phát hiện hồ sơ vụ án Đào Anh Tuấn không chuyển sang Viện KSND quận. Phương không thể khắc phục được vi phạm do Viện KSND quận 9 sát nhập vào Viện KSND TP Thủ Đức. Vì thế Phương làm giả các lệnh, quyết định trên nhằm che giấu hành vi phạm tội, trốn tránh trách nhiệm cá nhân
