Cáo trạng xác định, công ty của Nguyễn Thăng Long có hợp tác làm ăn với Công ty TNHH Vĩnh Hiệp (địa chỉ tại phường Thắng Lợi, TP Pleiku, tỉnh Gia Lai) do bà Trần Thị Lan Anh làm Phó Giám đốc phụ trách. Công ty này thường bán cà phê cho Công ty Intimex Hà Nội. Đầu năm 2008, theo lời bà Lan Anh, thị trường bất động sản tại Gia Lai đang sôi động, nếu mua được lô đất nào bán ngay cũng kiếm được lời. Trước thông tin hấp dẫn như vậy, Nguyễn Thăng Long đề nghị được tham gia “phi vụ” kiếm lời này.
Từ ngày 17-1 đến ngày 28-1, Nguyễn Thăng Long đã chỉ đạo nhân viên của Công ty Intimex Hà Nội chuyển hơn 15 tỷ đồng vào tài khoản của Công ty Vĩnh Hiệp, ghi là thực hiện hợp đồng mua cà phê, nhưng thực chất đây là tiền Nguyễn Thăng Long góp vốn với bà Lan Anh và 1 đối tác tên là Hoa để kinh doanh bất động sản. Nhận được số tiền Nguyễn Thăng Long chuyển, bà Hoa đã mua 8 lô đất tại TPHCM, Đồng Nai và Bình Phước trị giá hơn 30 tỷ đồng (số tiền chênh lệch là vốn góp của bà Lan Anh và bà Hoa).
Để rút và hợp thức hóa việc giao dịch số tiền trên, bị can Nguyễn Thăng Long đã chỉ đạo nhân viên dưới quyền làm giả 3 phương án kinh doanh và 3 hợp đồng mua cà phê với Công ty Vĩnh Hiệp; làm giả 3 hợp đồng bán cà phê cho 2 doanh nghiệp của Thụy Sỹ. Vụ việc bị vỡ lở, trước khi khởi tố vụ án hình sự, Công ty Vĩnh Hiệp đã chuyển vào tài khoản của Công ty Intimex Hà Nội hơn 15 tỷ đồng.
Tuy nhiên, khoản tiền lãi phát sinh lúc này đã lên tới hơn 8 tỷ đồng. Trước cơ quan chức năng, Nguyễn Thăng Long không thừa nhận việc làm của mình là sai, nhưng với các tài liệu thu thập được, cơ quan tố tụng có đủ bằng chứng xác định, Nguyễn Thăng Long đã lợi dụng chức vụ quyền hạn để chuyển 15 tỷ đồng của công ty vốn nhà nước, gây thiệt hại hơn 8 tỷ đồng tiền lãi vay ngân hàng.
