Theo đó, cáo trạng truy tố các bị can ra trước Tòa án nhân dân TP Hà Nội để xét xử đối với các bị can, gồm: Nguyễn Thị Thanh Nhàn (Chủ tịch HĐQT, kiêm Tổng Giám đốc AIC); Trần Mạnh Hà (Phó Tổng Giám đốc AIC) về tội “Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng” và “Đưa hối lộ”.
Các bị can Trần Đình Thành (cựu Bí thư Tỉnh ủy tỉnh Đồng Nai), Đinh Quốc Thái (cựu Chủ tịch UBND tỉnh Đồng Nai) về tội “Nhận hối lộ”. Bị can Phan Huy Anh Vũ (cựu Giám đốc Bệnh viện Đa khoa Đồng Nai, Giám đốc Sở Y tế tỉnh Đồng Nai) bị truy tố về tội “Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng” và “Nhận hối lộ”. Bị can Bồ Ngọc Thu (cựu Giám đốc Sở KH-ĐT tỉnh Đồng Nai) bị truy tố về tội “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ”.
Các bị can còn lại bị truy tố về tội “Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng” và “Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng”.
Theo cáo trạng, từ năm 2003, bị can Nguyễn Thị Thanh Nhàn đã có quan hệ quen biết với ông Trần Đình Thành khi đang là Phó Bí thư Tỉnh ủy Đồng Nai. Đến năm 2007, trước khi UBND tỉnh Đồng Nai phê duyệt dự án Đầu tư xây dựng Bệnh viện Đồng Nai, bị can Nguyễn Thị Thanh Nhàn gặp và nhờ Trần Đình Thành (khi đang là Bí thư Tỉnh ủy) mời lãnh đạo UBND tỉnh, các sở, ngành ăn trưa để giới thiệu AIC và nhờ sự quan tâm, tạo điều kiện cho AIC tham gia các dự án của tỉnh.
Bị can Nhàn còn giới thiệu Hoàng Thị Thúy Nga (khi đó là Trưởng Ban quản lý dự án phụ trách khu vực phía Nam của AIC) với Trần Đình Thành để phối hợp thực hiện. Sau đó, Nhàn và Nga đã nhiều lần gặp gỡ Trần Đình Thành, Đinh Quốc Thái (khi đang là Phó Chủ tịch tỉnh), Bồ Ngọc Thu (Giám đốc Sở KH-ĐT Đồng Nai), đề nghị tạo điều kiện để AIC tham gia đấu thầu và trúng các gói thầu thiết bị y tế tại dự án Đầu tư xây dựng Bệnh viện Đồng Nai.
Tới năm 2010, khi Bệnh viện Đa khoa Đồng Nai chuẩn bị thực hiện thủ tục bổ sung vốn đầu tư thiết bị y tế chuyên môn vào dự án, bị can Bồ Ngọc Thu báo cáo ông Trần Đình Thành về khó khăn trong việc bố trí nguồn vốn đầu tư thiết bị thì Trần Đình Thành điện cho Nguyễn Thị Thanh Nhàn đề nghị giúp tỉnh Đồng Nai xin vốn Trung ương hỗ trợ cho dự án và được bị can Nhàn đồng ý.
Đầu năm 2013, khi Bệnh viện Đa khoa Đồng Nai được UBND tỉnh chấp thuận cho thuê đơn vị tư vấn để điều chỉnh danh mục thiết bị y tế và phê duyệt danh mục thiết bị y tế và kế hoạch đấu thầu. Để đảm bảo AIC có đủ năng lực dự thầu, Nguyễn Thị Thanh Nhàn chỉ đạo cấp dưới chỉnh sửa các số liệu trong báo cáo tài chính năm 2010, 2011, 2012, 2013 của AIC để làm tăng hệ số thanh toán nợ ngắn hạn và tăng vốn chủ sở hữu so với báo cáo tài chính đã báo cáo cơ quan thuế….; bị can Nhàn còn chỉ đạo cấp dưới mua hồ sơ mời thầu, lập hồ sơ dự thầu cho cả công ty “quân đỏ” và công ty “quân xanh” để nộp hồ sơ dự thầu cho đủ số lượng theo quy định để AIC trúng 16 gói thầu thiết bị y tế. Với cách thức trên, AIC và các công ty do AIC chỉ định tham gia 16/19 gói thầu thiết bị y tế và trúng toàn bộ 16 gói thầu với tổng giá trị 665 tỷ đồng.
Hội đồng định giá tài sản trong tố tụng hình sự tỉnh Đồng Nai xác định: 14/16 gói thầu nêu trên gây thiệt hại 148 tỷ đồng, tính cả thiệt hại phần điều chỉnh mức hợp đồng, điều chỉnh thời gian thực hiện hợp đồng, tổng số tiền thiệt hại là hơn 152 tỷ đồng.
Căn cứ lời khai của các bị can, cáo trạng xác định: Để được tạo điều kiện trúng các gói thầu thiết bị y tế tại dự án Bệnh viện Đa khoa Đồng Nai, bị can Nguyễn Thị Thanh Nhàn đã chi tiền hối lộ cho ông Trần Đình Thành, Đinh Quốc Thái, Phan Huy Anh Vũ tổng số 43,8 tỷ đồng.