Cáo trạng thể hiện, bị can Nguyễn Thị Kim Anh được điều động, luân chuyển làm Phó trưởng Phòng Phòng chống tham nhũng và được giao làm trưởng đoàn thanh tra tại huyện Vĩnh Tường, tỉnh Vĩnh Phúc. Bị can này biết rõ đối tượng thanh tra theo quy định là UBND huyện Vĩnh Tường, không phải là UBND các xã, thị trấn và không được thanh tra đối với các dự án công trình do UBND cấp xã làm chủ đầu tư. Tuy nhiên, với mục đích trục lợi, Nguyễn Thị Kim Anh đã làm trái các quy định trên, chỉ đạo cho một số cán bộ Phòng Kinh tế hạ tầng của huyện Vĩnh Tường yêu cầu tổng hợp, báo cáo toàn bộ các dự án công trình xây dựng do 29 xã, thị trấn làm chủ đầu tư giai đoạn 2013-2018.
Một số nhà thầu, chủ đầu tư đã đề nghị trưởng đoàn thanh tra của Bộ Xây dựng tạo điều kiện bỏ qua hoặc giảm nhẹ các lỗi vi phạm. Nguyễn Thị Kim Anh và Đặng Hải Anh đã yêu cầu những nhà thầu này phải đưa tiền cho đoàn thanh tra để bỏ qua lỗi vi phạm. Để tránh bị ghi âm mỗi lần làm việc, Nguyễn Thị Kim Anh và Đặng Hải Anh đều viết ra giấy hoặc đánh số trên máy tính về số tiền phải đưa rồi xóa ngay sau đó.
Cáo trạng cũng cho biết Nguyễn Thị Kim Anh đã gặp, bàn bạc riêng với một số thành viên trong đoàn thanh tra, thống nhất việc thu tiền và ăn chia số tiền thu được của các đơn vị bị kiểm tra. Những dự án do Nguyễn Thị Kim Anh trực tiếp phụ trách yêu cầu phải nộp 5% trên giá trị hợp đồng đối với nhà thầu tư vấn và 0,15% giá trị hợp đồng đối với nhà thầu thi công kiểm tra về điều kiện năng lực. Với thủ đoạn trên, từ cuối tháng 5-2019 đến ngày 12-6-2019, các bị can Nguyễn Thị Kim Anh, Đặng Hải Anh đã thu tiền của rất nhiều cá nhân, đơn vị liên quan đến hoạt động thanh tra. Do bức xúc với việc làm này, nhiều chủ doanh nghiệp, kế toán UBND xã đã tố cáo hành vi của đoàn thanh tra đến công an. Các bị can khai nhận tổng số tiền thu từ đại diện các doanh nghiệp, chủ đầu tư từ hoạt động thanh tra tại huyện Vĩnh Tường là hơn 2,153 tỷ đồng. Cơ quan điều tra làm rõ số tiền bất chính là 2,057 tỷ đồng, riêng Nguyễn Thị Kim Anh chiếm đoạt 1,3 tỷ đồng.
