Điểm chuẩn cao nhất của các lớp chuyên thuộc về lớp tiếng Anh ở cơ sở 1 với 34,6 điểm, kế đến là môn Toán với 33,9 điểm.
Điểm chuẩn cụ thể đối với các môn chuyên và không chuyên ở cơ sở 1:
| STT | Lớp | Điểm chuẩn |
| 1 | Toán | 33,9 |
| 2 | Tin (thi Tin) | 28,55 |
| 3 | Tin (thi Toán) | 32,7 |
| 4 | Vật lý (thi Lý) | 32,75 |
| 5 | Vật lý (thi Toán) | 31,8 |
| 6 | Hóa học | 28,2 |
| 7 | Sinh học (thi Sinh) | 29,61 |
| 8 | Sinh học (thi Toán) | 30,9 |
| 9 | Tiếng Anh | 34,6 |
| 10 | Ngữ văn | 31,5 |
| 11 | Không chuyên | 21,7 |
Điểm chuẩn các lớp 10 chuyên ở cơ sở 2:
| STT | Lớp | Điểm chuẩn |
| 1 | Toán | 27,45 |
| 2 | Vật lý (thi Lý) | 27,25 |
| 3 | Vật lý (thi Toán) | 26,05 |
| 4 | Hóa | 20,85 |
| 5 | Sinh học (thi Sinh) | 24,4 |
| 6 | Sinh học(thi Toán) | 25,4 |
| 7 | Tiếng Anh | 27,1 |
| 8 | Ngữ văn | 28.0 |
Năm học 2019-2020, Trường Phổ thông Năng khiếu tuyển 600 chỉ tiêu tại hai cơ sở. Trong đó, cơ sở 1 (quận 5) tuyển 245 học sinh cho 7 lớp chuyên gồm: Toán, Tin học, Vật lý, Hóa học, Sinh học, Tiếng Anh và Ngữ văn. Mỗi lớp không quá 35 học sinh. Ngoài ra, cơ sở này tuyển 145 học sinh cho các lớp không chuyên.
Cơ sở 2 tại Khu đô thị Đại học Quốc gia TPHCM (quận Thủ Đức) tuyển 210 học sinh cho 6 lớp chuyên gồm: Toán, Vật lý, Hóa học, Sinh học, Tiếng Anh và Ngữ văn; mỗi lớp không quá 35 em.
Trường Phổ thông Năng khiếu tổ chức một kỳ thi tuyển sinh chung cho cả hai cơ sở. Để được xét tuyển, thí sinh phải thi 4 môn, trong đó 3 môn không chuyên bắt buộc và một môn chuyên tự chọn. Thí sinh được đăng ký dự thi nhiều hơn một môn chuyên và đăng ký xét tuyển vào các lớp chuyên tương ứng.
Nếu thí sinh trúng tuyển vào nhiều lớp sẽ tự chọn học một lớp theo nguyện vọng. Riêng với các lớp chuyên Tin học, Vật lý và Sinh học, ngoài việc dự thi môn tương ứng, thí sinh có thể thi môn Toán và sử dụng điểm bài thi này để được xét tuyển bổ sung.
