Cùng với hành vi của Trương Duy Nhất, Cơ quan CSĐT Bộ Công an cũng cho rằng hành vi của các ông L. Qu. Tr., nguyên Tổng Biên tập, và ông Bùi Thượng Toản, nguyên Phó Tổng Biên tập Báo Đại Đoàn Kết, đã có dấu hiệu phạm tội "Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng", gây thiệt hại cho Nhà nước số tiền hơn 300 triệu đồng.
Tuy nhiên, do hết thời hạn truy cứu trách nhiệm hình sự nên Cơ quan CSĐT Bộ Công an không đặt vấn đề xem xét trách nhiệm hình sự đối với ông L. Qu. Tr. và Bùi Thượng Toản.
Theo đó, lợi dụng chủ trương của UBND TP Đà Nẵng trong việc tạo điều kiện bán nhà, đất công sản cho các đơn vị sự nghiệp công lập đóng trên địa bàn TP Đà Nẵng làm trụ sở và nhiệm vụ được Ban Biên tập Báo Đại Đoàn Kết giao, Trương Duy Nhất đã lợi dụng danh nghĩa xin trụ sở cho Báo Đại Đoàn Kết, ký 4 văn bản gửi UBND TP Đà Nẵng đề nghị được mua một căn nhà tại khu vực trung tâm thành phố theo diện công sản, không tính hệ số sinh lợi để Báo làm trụ sở Văn phòng đại diện. Sau đó, Trương Duy Nhất đã hợp tác với Phan Văn Anh Vũ (tức Vũ "nhôm"), Giám đốc Công ty Xây dựng 79, để thâu tóm "đất vàng" tại Đà Nẵng.
Cụ thể, UBND TP Đà Nẵng đã ra quyết định bán cho Văn phòng đại diện Báo Đại Đoàn Kết nhà, đất công sản số 82 (68 cũ) Trần Quốc Toản, phường Hải Châu 1, quận Hải Châu, TP Đà Nẵng.
Sau khi nhận được quyết định của UBND TP Đà Nẵng, bị can Trương Duy Nhất đã cho Vũ "nhôm" thay Báo Đại Đoàn Kết nộp tiền vào ngân sách Nhà nước và ký hợp đồng nguyên tắc, theo đó sẽ sang tên nhà, đất trên cho Công ty Xây dựng 79 bằng giá mua của Nhà nước
Riêng đối với lãnh đạo UBND và các sở, ban, ngành của TP Đà Nẵng và một số cá nhân, tổ chức khác có liên quan đến việc tham mưu thu hồi và bán nhà, đất số 82 Trần Quốc Toản, Cơ quan CSĐT Bộ Công an đã tách ra để xử lý trong vụ khác.