Theo đó, năm học 2020 - 2021 và 2021 - 2022, trường chưa tự chủ tài chính, kinh phí hoạt động do ngân sách cấp bù nên việc thu học phí theo Nghị định số 86/2015/NĐ-CP của Chính phủ về cơ chế thu, quản lý học phí đối với cơ sở giáo dục thuộc hệ thống giáo dục quốc dân và chính sách miễn, giảm học phí, hỗ trợ chi phí học tập từ năm học 2015 - 2016 đến năm học 2020 - 2021.
Riêng học phí đối với tín chỉ thực hành, trường xác định bằng 1,5 lần so với tín chỉ lý thuyết để bù đắp chi phí đào tạo, vì chi phí đào tạo thực hành cao hơn đào tạo lý thuyết.
Để nâng cao chất lượng đào tạo thì khi dạy thực hành phải chia quy mô từ 20 – 25 em/lớp, trong khi quy mô chuẩn theo Thông tư của Bộ GD-ĐT là 40 em/lớp và quy mô này chỉ phù hợp học lý thuyết.
Ngoài ra, đối với tín chỉ thực hành thì tiêu hao vật tư thực hành, trong khi mức học phí theo Nghị định 86 chỉ quy định chung.
Do cách hiểu và áp dụng khác nhau đối với các quy định của pháp luật về việc xác định học phí tín chỉ thực hành, nên Kiểm toán Nhà nước yêu cầu nhà trường hoàn trả phần thu này cho sinh viên (trường hợp không hoàn trả được thì nộp ngân sách).
Sau khi có kết luận Kiểm toán Nhà nước, nhà trường rà soát, đánh giá và bàn các giải pháp thực hiện kết luận và nhận thấy với cách xác định học phí này chỉ ảnh hưởng tới học phí phần thực hành.
Bên cạnh đó, trường đào tạo đa ngành và mỗi chương trình đào tạo, mỗi môn học có tỉ lệ tín chỉ lý thuyết, thực hành khác nhau,... việc rà soát số tiền hoàn trả cho từng em là khó khả thi và không kịp tiến độ thời gian theo kết luận kiểm toán, phải thực hiện kết luận kiểm toán trước ngày 31-3-2023.
Do vậy, trường đã nộp ngân sách nhà nước theo nội dung kết luận Kiểm toán Nhà nước để đảm bảo đúng tiến độ thời gian và có văn bản báo cáo với cơ quan kiểm toán và các cơ quan chuyên môn. Trường Đại học Thủ Dầu Một đang tiếp tục thực hiện việc rà soát, xin ý kiến hướng dẫn của cơ quan chuyên môn, của cơ quan kiểm toán và xin ý kiến chỉ đạo của cơ quan có thẩm quyền để thực hiện hài hòa, đúng quy định.
Theo một lãnh đạo Trường Đại học Thủ Dầu Một, dự kiến ngày 21-10 sẽ có phương án cụ thể, đảm bảo quyền lợi cho sinh viên.
Trước đó, dư luận xôn xao việc Kiểm toán Nhà nước đã tiến hành kiểm toán tại Trường Đại học Thủ Dầu Một, giai đoạn 2015-2021, phát hiện trường thu sai quy định trong hai năm học 2020-2021 và 2021-2022, số tiền hơn 37 tỷ đồng, sau đó trường nộp lại vào ngân sách nhà nước số học phí đã thu vượt mức quy định.