Theo đó, ông Phạm Duy Khánh gửi lời xin lỗi về sự nhầm lẫn, sai sót trong đêm chung kết cuộc thi tại thành phố Hải Phòng, phát sóng truyền hình trực tiếp kênh VTV9. Thời điểm phát biểu, ông Khánh nói: “Chúng tôi rất vui mừng chào đón một trận bão lớn nhất từ xưa tới giờ”.
Trong phần trình bày chiều 27-9, ông Khánh phân trần: “Thực chất, câu tôi định nói là “Chúng tôi rất vui mừng khi cuộc thi vẫn được diễn ra dù Hải Phòng vừa gặp một trận bão lớn nhất từ xưa tới giờ”. Tuy nhiên, với cương vị trưởng ban tổ chức, tổng đạo diễn chương trình, tôi bị phân tâm bởi trước giờ khai mạc mưa xối xả gần một tiếng đồng hồ. Vừa lo khách mời, lo sân khấu, lo thí sinh, lo các nghệ sĩ tham gia biểu diễn, lo điện đóm, sân khấu các thứ nên đầu óc căng như dây đàn. Đã thế, tờ giấy phát biểu in ra nhưng vì đi lại mưa gió nên bị ướt và nát hết, nên tôi quyết định nói và đã xảy ra sự cố đáng tiếc này. Tôi thật lòng xin lỗi tất cả mọi người, bởi cho dù có thanh minh như thế nào thì lời nói ấy đã vô tình làm tổn thương biết bao người”.
Ông Khánh cho biết thêm, ông là người Hải Phòng, tổ chức cuộc thi trên quê hương đúng dịp bão nên đã quyết định huỷ đêm thi bán kết, thay vào đó liên hệ với thành phố để tổ chức 2 buổi cho các thí sinh tham gia dọn dẹp cây cối gãy đổ, tổ chức một buổi đi thăm và tặng quà cho những người già neo đơn. "Ban tổ chức, thí sinh cũng đã quyên góp và chuyển 150 triệu đồng vào Ủy ban MTTQ thành phố Hải Phòng để ủng hộ bà con”, ông nói.
Một sự việc nữa cũng gây tranh cãi trong đêm chung kết, đó là hình ảnh ông Phạm Duy Khánh lấy vương miện từ tay Hoa hậu Lý Kim Thảo để đội lên đầu tân hoa hậu Võ Cao Kỳ Duyên.
Ông Khánh giải thích: "Khi đó Kim Thảo cầm vương miện định đội cho Kỳ Duyên, nhưng chiếc váy dạ hội của cô có vành trên vai áo rất cứng và không thể giơ tay lên được nên mới nói “anh Khánh đội giúp em”. Và lúc đó Kỳ Duyên đã cúi xuống chờ đợi, lại đang trên sóng trực tiếp nên cần nhanh gọn, vì thế tôi giúp Thảo đội vương miện cho tân hoa hậu. Một lần nữa, tôi xin nhận lỗi. Tôi coi đây là bài học đắt giá trong việc phát ngôn cũng như xử lý các tình huống trên sân khấu trong quá trình diễn ra cuộc thi truyền hình trực tiếp”.