Theo đó, 2 Bảo vật Quốc gia được trưng bày gồm bộ sưu tập bình gốm đất nung Long Thạnh và Tượng tu sĩ Champa Phú Hưng và hơn 100 cổ vật khai quật từ tàu cổ đắm ở vùng biển Quảng Ngãi.
Bảo vật Quốc gia bộ sưu tập bình gốm đất nung Long Thạnh (Văn hóa Sa Huỳnh) có niên đại 3.370± 40 năm cách ngày nay.
Bộ sưu tập 18 bình gốm được tìm thấy trong cuộc khai quật di tích khảo cổ Long Thạnh thuộc xã Phổ Thạnh, huyện Đức Phổ do Viện Khảo cổ học thực hiện năm 1978.
Bộ sưu tập bình gốm đất nung Long Thạnh có giá trị đặc sắc về nghệ thuật tạo dáng, trang trí đạt trình độ thẩm mỹ cao, được tạo tác từ bàn tay khéo léo tài hoa của người Sa Huỳnh, phản ánh nghề gốm thủ công rất phát triển trên vùng đất Quảng Ngãi cách nay trên dưới 3.000 năm.
Bảo vật Quốc gia Tượng Tu sĩ Champa có niên đại thế kỷ IX-X, nguồn gốc từ tháp Phú Hưng (Tam Kỳ, Quảng Nam) được thu nhập từ năm 1994 và chuyển giao cho Bảo tàng Tổng hợp tỉnh Quảng Ngãi.
Pho tượng này đang được trưng bày tại không gian trưng bày văn hóa Champa của Bảo tàng. Tượng Tu sĩ Champa Phú Hưng là tác phẩm có giá trị thẩm mỹ đặc sắc, thuộc phong cách nghệ thuật Mỹ Sơn A1, còn gọi là phong cách Trà Kiệu muộn trong nghệ thuật điêu khắc đá của văn hóa Champa, cũng là tác phẩm độc nhất vô nhị mà cho đến nay các đền tháp Champa ở miền Trung Việt Nam cũng chưa có tiêu bản thứ hai.
Bảo tàng Tổng hợp Quảng Ngãi cũng trưng bày các đĩa men ngọc trang trí đề tài hoa lá, gốm sứ, lọ với hơn 100 hiện vật được khai quật từ tàu cổ đắm ở vùng biển Bình Châu (huyện Bình Sơn, tỉnh Quảng Ngãi) năm 2013. Các hiện vật có niên đại thế kỷ XIII, các bản thảo phác họa sơ đồ mặt bằng tàu cổ Bình Châu và hình ảnh khai quật.