Trung tâm đang bảo quản 34.619 tấm Mộc bản triều Nguyễn, hơn 600m tài liệu giấy, công tác vệ sinh toàn bộ khối tài liệu hiện đang được thực hiện trong điều kiện hiện đại.
Tuy nhiên, hiện nay toàn bộ khối tài liệu Mộc bản triều Nguyễn đang được bảo quản trong nhà kho được thiết kế để bảo quản tài liệu giấy, băng đĩa, phim ảnh nên chưa phù hợp với việc bảo quản loại hình tài liệu gỗ.
Nhà kho được thiết kế theo kiểu kho trong kho, tất cả các cửa sổ được bịt kín bằng kính nên thiếu sự thông thoáng tự nhiên, về lâu dài sẽ ảnh hưởng đến tuổi thọ của tài liệu; khối lượng tài liệu Mộc bản triều Nguyễn tương đối lớn (đều là những tài liệu Hán Nôm khắc ngược) đòi hỏi phải có sự đầu tư về thời gian cho công tác dịch thuật…
Đánh giá cao công tác lưu trữ các tài liệu Mộc bản, Phó Thủ tướng Vũ Đức Đam cho rằng, công tác lưu trữ hiện nay phải bước sang thời kỳ mới hoàn toàn, khẩn trương thực hiện công tác lưu trữ số, trong đó nhanh chóng lên phương án số hóa 2 di sản (Mộc bản và Châu bản triều Nguyễn) sau đó ứng dụng trên tất cả các kho lưu trữ khác.
Phó Thủ tướng chỉ đạo Cục Văn thư và Lưu trữ Nhà nước (Bộ Nội vụ) phối hợp với Bộ Khoa học và Công nghệ nghiên cứu các phương án triển khai công tác lưu trữ số đối với các Mộc bản để sớm phục vụ người dân.
