Do vị trí địa lý cách xa đất liền nên việc bảo vệ và chăm sóc sức khỏe cho quân và dân Côn Đảo gặp nhiều khó khăn. Tay nghề chuyên môn của y bác sĩ còn nhiều hạn chế; nguồn nhân lực, cơ sở vật chất, phương tiện chưa đáp ứng được việc khám chữa bệnh cho người dân và cán bộ chiến sĩ.
Để khắc phục tình trạng trên, UBND tỉnh Bà Rịa - Vũng Tàu sẽ trang bị cho trung tâm các thiết bị như: hệ thống tương tác audio video, hệ thống theo dõi sinh tồn của bệnh nhân, hệ thống truyền tải dữ liệu máy y tế và chỉ số sinh tồn của bệnh nhân, cùng một số máy móc, hệ thống khác để tương tác với bệnh viện tuyến trên trong đất liền.
Đồng thời, cũng sẽ trang bị cho Bệnh viện Bà Rịa, Bệnh viện Chợ Rẫy (TPHCM) một số hệ thống tương tác và máy tính bảng để hỗ trợ trung tâm trong hoạt động khám chữa bệnh.
Trung tâm Y tế quân dân y huyện Côn Đảo được thành lập năm 2005 và là mô hình tổ chức kết hợp giữa Trung tâm Y tế huyện Côn Đảo và Bệnh xá Quân y của Ban chỉ huy Quân sự huyện Côn Đảo.
