Theo Quyết định 22/2015 của Thủ tướng Chính phủ, đơn vị sự nghiệp công lập tổ chức kiểm kê, phân loại tài sản đang quản lý, sử dụng; lập bảng kê xác định số lượng, chất lượng, giá trị của tài sản hiện có do mình đang quản lý và sử dụng (bao gồm cả các tài sản là quyền sử dụng đất, bằng phát minh, sáng chế, công trình nghiên cứu khoa học...). Công việc này được cho là không đơn giản. Hiện các đơn vị sự nghiệp công lập được giao quản lý, sử dụng khoảng 2.378 triệu m² đất và khoảng 103 triệu m² nhà.
Công tác sắp xếp lại, xử lý nhà, đất do các đơn vị sự nghiệp công lập đang quản lý, sử dụng trên địa bàn cả nước phải thực hiện theo Quyết định 09/2007 của Thủ tướng Chính phủ (nay là Nghị định 167/2017/NĐ-CP), đến nay đã cơ bản đã hoàn thành. Còn công tác cổ phần hóa thì quá chậm, đến hết năm 2018, cả nước chỉ mới có 31 đơn vị sự nghiệp công lập hoàn thành chuyển đổi thành công ty cổ phần, chỉ đạt 0,09% tổng số đơn vị sự nghiệp công lập thuộc danh mục chuyển đổi.
Nguyên nhân chậm trễ một phần là do cơ chế. Bởi lẽ, muốn chuyển sang công ty cổ phần phải nằm trong danh mục và phương án chuyển đổi được Thủ tướng phê duyệt. Theo đó, các địa phương, bộ ngành phải rà soát đơn vị nào đáp ứng điều kiện mới đưa vào danh sách cổ phần hóa. Trong khi lâu nay, hầu hết đơn vị sự nghiệp công lập chủ yếu phục vụ an sinh xã hội nên lợi nhuận rất thấp và đa phần dựa vào ngân sách, nên nếu đưa vào danh mục cổ phần hóa sẽ khó thực hiện vì không ai mua. Chưa kể, nếu cổ phần hóa thì có nguy cơ sẽ không tiếp tục cung cấp dịch vụ công. Và, nguyên do chính vẫn là vấn đề xử lý tài sản là nhà, đất của đơn vị sự nghiệp khi cổ phần hóa. Việc lập phương án sử dụng nhà, đất sau khi cổ phần hóa, xác định giá trị tài sản khi cổ phần hóa đơn vị sự nghiệp công lập vẫn tồn tại một số bất cập, như chưa có quy định cụ thể về trình tự, thủ tục, thẩm quyền phê duyệt phương án sử dụng nhà, đất sau khi cổ phần hóa, để các doanh nghiệp có phương án sử dụng đất và phải sử dụng đất đúng mục đích đã được phê duyệt.
Do vậy, các chuyên gia đề nghị, phải có phương án sử dụng đất sau khi chuyển đổi; công ty cổ phần không còn nhu cầu sử dụng đất vào mục đích khi chuyển đổi thì xử lý theo quy định của pháp luật về đất đai. Giao UBND tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương có trách nhiệm giám sát việc sử dụng đất sau chuyển đổi của đơn vị sự nghiệp công lập.
Ví dụ: Trường đào tạo nghề sau khi chuyển đổi thành công ty cổ phần nếu vẫn hoạt động dạy nghề, thì diện tích đất sử dụng phải phục vụ chính cho dạy nghề, không được thực hiện cho mục đích khác; công ty xây nhà để phục vụ mục đích đào tạo nhưng sử dụng không hết công năng, thì phần còn lại có thể dùng cho mục đích gia tăng khác và thực hiện nghĩa vụ với ngân sách nhà nước, không để xảy ra tình trạng dùng phần nhỏ cho mục đích hoạt động chính, phần lớn cho mục đích khác; trường hợp đơn vị sự nghiệp công lập sau khi cổ phần hóa không cung cấp dịch vụ công như trước đây, thì đất đai phải được thu lại để giao cho địa phương quản lý và đấu giá.
Có như vậy thì mới tránh được nguy cơ thất thoát đất công sau cổ phần hóa.